Perl调用和管理外部文件中的变量（如软件和数据库配置文件）

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编写流程时，有一个好的习惯是将流程需要调用的软件、数据库等信息与脚本进行分离，这样可以统一管理流程的软件和数据库等信息，当它们路径改变或者升级的时候管理起来就很方便，而不需要去脚本中一个个寻找再修改。

在shell编程中，我们可以通过 source config.txt 来获取配置文件config.txt中的变量。在Perl中，我们可以将这个功能编写为一个模块，以后就都可以拿来直接用了。

假设配置文件 config.txt 如下：

###########################

#######software path#######

###########################

codeml=/share/project002/bin/paml44/bin/codeml

formatdb=/opt/blc/genome/bin/formatdb

blastall=/opt/blc/genome/bin/blastall

muscle=/opt/blc/genome/bin/muscle

###########################

#######database path#######

###########################

go=/opt/blc/genome/go.fa

kegg=/opt/blc/genome/kegg.fa

针对配置文件，我们可以写一个名为 Soft.pm 的模块：

################################################

######This package contains the pathes of softwares and database

######You can modify the config.txt when the  path changed

################################################

package Soft;

use strict;

require Exporter;

our @ISA = qw(Exporter);

our @EXPORT = qw(parse_config);

##parse the software.config file, and check the existence of each software

################################################

sub parse_config{

        my ($config,$soft)=@_;

        open IN,$config || die;

        my %ha;

        while(<IN>){

                chomp;

                next if /^#|^$/;

                s/\s+//g;

                my @p=split/=/,$_;

                $ha{$p[0]}=$p[1];

        }

        close IN;

        if(exists $ha{$soft}){

                if(-e $ha{$soft}){

                        return $ha{$soft};

                }else{

                         die "\nConfig Error: $soft wrong path in $config\n";

                }

        }else{

                die "\nConfig Error: $soft not set in $config\n";

        }

}

1;

__END__

保存后，在Perl脚本中即可使用该模块：

#! /usr/bin/perl -w

use strict;

use FindBin qw($Bin $Script);

use lib $Bin;

use Soft; #调用模块

......

my $config="$Bin/config.txt";

my $blastall=parse_config($config,"blastall");

......

以上是使用相对路径，如果是用绝对路径，如下：

#! /usr/bin/perl -w

use strict;

use lib '/path/soft/';

use Soft;

......

my $config="/path/soft/config.txt";

my $blastall=parse_config($config,"blastall");

......