Interproscan, xml文件转化为tsv

将interproscan的结果转化格式

很奇怪 tsv格式里没有go, kegg, inter-domain信息，但是xml文件里面却有，tsv文件比较好处理，所以先将xml文件转化为tsv。用软件自带的工具:

The convert mode is designed to work only for XML documents created with the same version. This makes sure we can introduce new schema updates in the future. However the XML schema is stable and will only change, if we need to add new features for instance.

You can use InterProScan 5's CONVERT mode to reformat your XML result file into any other possible output format (TSV, GFF3, SVG and HTML). For compatibility reasons you can also convert XML results into InterProScan 4.8 raw format. This will give our users enough time to migrate their pipeline to InterProScan 5.

Please note it is NOT possible to reformat any non-XML format. XML is the richest data type and is therefore the only format which allows us to produce any other format of interest.

To enable InterProScan 5 to run in CONVERT mode you need to set the mode option to 'CONVERT'.

Usage instructions

./interproscan.sh -mode convert

You will see the following usage instructions:

Welcome to InterProScan v5 CONVERT mode.usage: java -XX:+UseParallelGC -XX:+AggressiveOpts            -XX:+UseFastAccessorMethods -Xms512M -Xmx2048M -jar            interproscan-5.jarPlease give us your feedback by sending an email tointerhelp@ebi.ac.uk -b,--output-file-base <OUTPUT-FILE-BASE>   Optional, base output                                            filename.  Note that this                                            option and the --outfile (-o)                                            option are mutually exclusive.                                            The appropriate file extension                                            for the output format(s) will                                            be appended automatically. By                                            default the input file                                            path/name will be used. -d,--output-dir <OUTPUT-DIR>               Optional, output directory.                                            Note that this option and the                                            --outfile (-o) option or the                                            --output-file-base (-b) option                                            are mutually exclusive. The                                            appropriate file extension for                                            the output format(s) will be                                            appended automatically. By                                            default the input file                                            path/name will be used. -f,--formats <OUTPUT-FORMATS>              Optional, case-insensitive,                                            comma separated list of output                                            formats. Available formats are                                            TSV, GFF3 (default set) and                                            RAW (InterProScan 4 TSV),                                            HTML, SVG. -i,--xml <XML-FILE-PATH>                   Mandatory, path to the IMPACT                                            XML file that should be loaded                                            and converted. -o,--outfile <EXPLICIT_OUTPUT_FILENAME>    Optional explicit output file                                            name.  Note that this option                                            and the --output-file-base                                            (-b) option are mutually                                            exclusive. If this option is                                            given, you MUST specify a                                            single output format using the                                            -f option.  The output file                                            name will not be modified.                                            Note that specifying an output                                            file name using this option                                            OVERWRITES ANY EXISTING FILE. -T,--tempdir <TEMP-DIR>                    Optional, specify temporary                                            file directory. The default                                            location is /temp.具体使用：

/share/bioinfo/miaochenyong/interproscan-software/tars/interproscan-5.7-48.0/interproscan.sh -mode convert -f tsv -i your_xml_file
如果输入文件为test.xml

默认输出文件为：test.xml.tsv

by freemao

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