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【R语言】解决GO富集分析绘图,标签重叠问题

最近有粉丝反映说，利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候，发现GO条目的名字都重叠在一起了。气泡图 柱形图 这个图别说美观了，简直不忍直视。经过我的认真研究，发现跟R版本有关。

GO富集的根本问题在于一个基因对应的GO term有多个，一个term对应多个gene，同时还有层级关系。这样导致如果一个term显著富集，那和它共享很多基因的term也会显著富集。

其中2个与生长素信号转导相关，而另外8个则没注释到生长素信号转导相关，简单画一下，即 好，剩下的两个就不替换了。整体上，ORA模式的富集分析，本身就是经典的抽球案例，感兴趣的自行替换就可以了。

单细胞富集分析我最常用的是 分组GSVA ，但最近用到了GO分析，就复习一下GO和KEGG富集分析及绘图。载入无比熟悉的pbmc.3k数据集 (已注释好，数据准备见 monocle )pbmc3k数据集只有1个样本，没办法区分HC和病例组。

相关问答

Q1: 求助Cytoscape软件中的ClueGO插件使用方法

MCODE也可以对感兴趣的dense区域进行提取并可视化，这点很重要，因为现有的工具比如spring不能对大的网络进行操作（spring不能大于2000个nodes）。

假基因-miRNA-mRNA调控网络 的构建，这是非编码RNA的基本套路，Cytoscape分析。 功能富集分析 ：此处不是常规的分析方法，用到了Cytoscape的插件 ClueGo 。

下载Text Summary (TXT - simple tab delimited flatfile)文件，columncolumn2分别设置为sourceinteraction和target interaction，interaction type使用default interaction即可。

你好！如果你努力工作，你可以使用 r 语言来收集和可视化遗传本体和路径，r 包可以是 gosim (去分析) ，或者集群剖析器(gokegg)2细胞景观的插件式联盟可以愚蠢地显示路径的图像，可以用来直接张贴(至少对于低分)。

可以直接从电脑的桌面上卸载，在软件的图标上用鼠标点击右键选择强力卸载就行了。对于不能从桌面直接卸载的，可以通过找到它所在的磁盘进行卸载。如果不能找到位置的，可以通过控制面板卸载。

Q2: 单细胞之富集分析-3:GO和KEGG富集分析及绘图

单细胞富集分析我最常用的是 分组GSVA ，但最近用到了GO分析，就复习一下GO和KEGG富集分析及绘图。载入无比熟悉的pbmc.3k数据集 (已注释好，数据准备见 monocle )pbmc3k数据集只有1个样本，没办法区分HC和病例组。

单细胞数据的分组包含不同细胞类型，对照组和实验组，不同时间段的样本等，可以按照不同的分组将表达量矩阵和细胞分组信息提取出来，再进行后续分析 。

GO和KEGG富集分析视频讲解 最近有粉丝反映说，利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候，发现GO条目的名字都重叠在一起了。气泡图 柱形图 这个图别说美观了，简直不忍直视。

GO富集分析 加载了注释库之后，读取基因列表文件，并使用clusterProfiler的内部函数enrichGO()即可完成GO富集分析。读取基因列表文件，并使用clusterProfiler的内部函数enrichKEGG()即可完成KEGG富集分析。

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