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GO(Gene Ontology)

Ontology 首先是出现于哲学领域的一个词汇，后来广泛用于计算机领域，发挥了很重要的作用，再后来这个概念被引入生物领域。

gene Ontology 是生物中Ontology中一个重要应用。go项目最初是由研究三种模式生物（果蝇、小鼠和酵母）基因组的研究者共同发起。是生物信息分析中很重要的一个方法

go是在生物领域应用非常广，可以帮助生物学家对基因产物进行准确的定义（功能、位置），节省时间。

因为在最开始的时候，生物学家们更多是专注于自己研究的物种/课题，而且每个生物学家对功能等的定义是存在差异的，导致不同实验室/物种不能实现直接的对接（比如A物种内的x基因的功能使用的是a这个词汇进行注释，而B物种内的x基因的功能却使用的是与a同义的词汇b进行注释，这种情况计算机无法识别），就像讲两种语言的人，无法直接进行语言交流。这种情况导致的问题是，出现了一种阻碍，让问题复杂化了。所以就有了Ontology在生物领域中的应用，实现“书同文”。

go定义了基因/基因产物的功能（通过术语）且定义了它们各自之间功能是怎样联系的（关系）。它组成了一个具有大量term的词汇库，并定义各种term之间的关系（is_a part_of R）。

GO通过三个方面的术语对基因/基因产物的功能进行描述：分子功能(molecular function) -由基因/基因产物行使的分子水平上的功能； 细胞组件(cellular component)-基因/基因产物产生功能时其在细胞结构上的位置；生物学过程(biological process)-在哪个生物学通路/生物过程发挥作用。

目前，GO 注释主要有两种方法：

（1）序列相似性比对（BLAST）：例如blast2go（将blast结果转化为GO注释）

（2）结构域相似性比对（InterProScan）

blast2go的本地化教程：

在blast2go软件正确安装的情况下，使用blast2go进行go注释，出现无法得到注释结果的问题：

另外还有可能出错的原因是，blast2go无法识别blast高的版本号，当使用高版本的blast的时候，直接将版本号给修改为低版本的就行了，例如（BLASTX 2.2.25+）

GO 的图形是一个有向无环图

相关问答

Q1: 浅谈Go语言函数与方法的区别

    前段时间，我们实验室用go作为后台开发语言开发了一个web项目，由于这是自己第一次使用go语言进行开发，在开发过程中，一味着追求完成任务，在编码的时候没有太注重性能，虽然勉强实现了功能，但是对go语言的理解还是比较浅显的。下面来谈谈自己对go语言中函数与方法的理解。

普通函数:

    go函数可以返回多个值

    值传递: 值传递是指在调用函数时将实际参数复制一份传递到函数中，这样函数中如果对参数进行修改，将不会影响到实际参数

    引用传递: 引用传递是指在调用函数将实际参数的地址传递到函数中，那么在函数中对参数进行的修改，将影响到实际参数。

一般来说go语言函数的 接收者(也就是形参)一般放在函数名后面 ，不能将指针类型的数据直接传递，也就是说函数形参如果是值类型，调用者必须使用值作为实参过来，如果函数形参是指针类型，则函数调用者需使用指针作为实参来调用。

普通方法:

接收者是在func关键字后面，而不是在函数名称后面，接收者可以是自己定义的一个类型，这个类型可以是struct、interface，一个方法就是一个包含了接收者的函数，接收者可以是命名类型或者是结构体类型的一个值或者是一个指针。

下面是一个例子来说明方法和函数的区别（重点）

Q2: 我们真的需要Go语言吗？

我们这个世界真的需要另外一种C语言风格的编程语言吗？很显然，谷歌很早就这么认为了，在 2009 年，它借用雷蒙斯乐队的歌“Hey!Ho!Let’s Go”，正式推出了 Go 语言。现在 Go 语言开发团队已经开发出了这种语言的第一个稳定版本，他们称之为 Go 1，他们将这种语言推向世界，希望人们用这种语言“开发出健壮的软件产品和作品。”那么，现在人们对这种语言的使用情况又是如何呢？让我们先回顾一下，什么是 Go 语言，是什么促使谷歌决定推出这样一种语言？按 Go 语言的“常见问题”里的说法，自从那个“重要的系统级编程语言”诞生距今已超过十几年了，这段时间计算机世界已经发生了很大的变化。谷歌的才人们对目前现有的各种语言深感失望，他们必须要在“快速的编译、快速的执行或简单编程”之间做出选择。“没有一种主流的编程语言，例如C，C++，Java，Python 等，能提供谷歌人想要的全部特征。于是，谷歌的工程师从 2007 年起开始开发 Go 语言。“常见问题”里这样说：Go 语言在基本语法上”基本上属于C语言家族“，但它从 Pascal 语系吸收了”大量的理念“，还有一些思想是来自其它的语言。但对于程序员来说，应该把它当成一种全新的语言，一种以”让程序员更有效率，让编程更有效率，至少是让我们更有效率并且使编程更有乐趣“的理念为设计目标的编程语言。Go 语言擅长做什么…？那么，Go 语言擅长做什么？根据谷歌著名的软件工程师——Go 语言的设计人之一——Rob Pike 的说法，它是用来开发”大型软件“的。Pike 说 Go 语言适合于”很多程序员一起开发的大型软件，并且开发周期较长，支持云计算的网络服务：简言之，就是服务端软件。Go 语言能够让程序员快速开发，并且在软件不断的增长过程中，它能让程序员更容易地进行维护和修改。它融合了传统编译型语言的高效性和脚本语言的易用性和富于表达性。“(作为原贝尔实验室 Unix 开发小组成员，Pike 对系统软件有相当的认识。)但对于其它类型的软件，Go 语言也一样的好用。例如，我在 Google+ 上询问了 Go 语言的使用者，得到了 Douglas Fils 的回复，他正在拿各种语言做实验。Fils 说他现在有时会开发一些 Web 应用程序，大多数都是在 Java 虚拟机(JVM)平台上。“所以 Java 自然是最常用的。我最近开始尝试更多的语言，例如 Scala 和 Groovy。我用 Groovy 语言已经开发了不少的东西，而且刚刚完成了一个 Groovy/Grails 语言上的大型项目。我还研究了一下 Ruby on Rails/Python (Python 框架)，并用它们做了一些东西。”他说他用早期版本的 Go 语言开发了一个 Web 界面来处理数据资源。但很不幸。“当时的 Go 的程序库和语法使得开发起来很困难。我还尝试了 node.js，而且，到了一月份，我的精力完全转向了 node.js.”Node.js，Fils 说，很流行，“虽然我很喜欢它，但它的单线程事件循环机制和非阻塞的编程模式让我不太满意。还有，所有的东西都要用 Javascript 的回调函数，我不喜欢这样。”很显然，他不是一个 JavaScript 的粉丝。Go 语言的语法和结构，从另一方面讲，“还是很简洁的。”当Go 语言的语法和结构趋于稳定，并发布了 Go 1 时，他觉得应该转回来，重写他的 Go 语言程序。这回，他想起来了当初为什么想用 Go 来开发。关于Go 语言的争论Fils 说，在 Java 里，很多东西都需要有一定的模板套路，这是很讨厌。他说 Scala 和 groovy 要好一些，但仍然是个问题。Go 语言给人的感觉像一个动态的类型化语言，Fils 说，但 Go 语言里静态类型特征并不像 Java 里那样明显。Go 语言的垃圾收集管理，比 JVM 要好的多。跟 Groovy 这样的动态语言比起来尤其能看出这点。Fils 在评论中说 Go 语言的速度比其它语言快很多倍。它运行速度快但不影响负载量。它编译所需的时间很短，他在开发时能边开发边编译，就像动态语言那样迅速。最后，他说使用 Go 语言要比使用 Node.js，Java 或以 Java 为基础的语言，Ruby on Rails 等语言要有趣的多。在开发 JVM 平台上的应用时，我总感觉自己是一个系统管理员，而不是一个开发者。我要修改堆空间，我要研究负载均衡或内存问题或其它的资源管理问题。而使用 Go 语言，我不需要考虑这些。我开发，编译，测试，运行，部署，非常的享受。请注意，并不是所有的人都喜欢 Go 语言。你可以看一看 Shaneal Manek 的关于 Go 语言的垃圾收集系统以及脚本语言和编译型语言之间比较的评论。Go 语言能走向主流吗？你的期望是什么？按照 RedMonk’s Stephen O’Grady 的说法，对于 Go 语言来说现在还非常年轻。通常，程序员会分成两个阵营：要么欢迎底层语言和脚本型/垃圾收集器型语言的融合，要么是反对这样做。对于后者，毫无意外的，他们是C语言的坚定拥护者。围绕着 Go 语言有很多的争论，这不令人吃惊，任何一种语言都是这样。而令人吃惊的是目前 Go 语言在程序员中获得了相当的吸引力。O’Grady 二月份在 RedMonk 编程语言分级中把 Go 语言放入了第二梯队。但是，他说，考虑一下 Go 语言是如此的年轻，“即使是目前这种成绩也是让人相当的印象深刻了。”谷歌已经发布了 Go 语言的稳定版本，并且在 Google App Engine 支持部署这种语言的应用，这将给 Go 语言带来更多的吸引力。Go 语言能否成为一种“主流”语言，这需要由时间来判定。不过，看起来除谷歌之外还有很多公司对这种语言也很感兴趣，比如 Engine Yard 等公司。那些对目前的现存的语言不太满意的程序员大概对 Go 语言都在拭目以待。如果你在使用 Go 语言或之前简单涉略过它，你需要注意，Go 1 版引入了不少的变化。然而从 Go 1 版开始，Go 语言的变化将会遵循它的规格说明书进行。根据 Go 语言的开发人员的透露，“也许在某个时间，我们会推出 Go 2 的规范，但在此之前，用 Go 语言编写的程序在今后的 Go 1 版本(Go 1.1, Go 1.2 等)上都能正确的运行。”你用Go 语言开发过什么项目吗？

Q3: c#和go语言的区别

c:面向过程，语法太麻烦c＃：面向对象（跟java很像如果你对java了解估计你就会明白c＆c＃之间的区别了），是ms.netframework的主力之一，它的代码运行是安全的，里面没有指针，像java一样有垃圾回收机制。语法基本没有区别，个人感觉首先c#不必对指针进行太多的研究，然后可遗址性等，其它的区别相当大。可以说不是一个方向的。开发环境跟开发语言也是两个不同的概念学习c#并不必须有c语言的基础，不过，如果你学过c语言，那会事半功倍的，因为他们之间有很多语法是一样的。作为初学者，并没有必要先去学习c语言，你只需要有c#的完整的教程就行了。举个简单的例子，你想学开高档的轿车并不需要先去学习开低档的面包车。但如果你已经会开面包车的话，那么学开轿车就一定会容易一些了，因为他们有很多相同的地方。C语言:C语言是国际上广泛流行的、很有发展前途的计算机高级语言。它适合作为系统描述语言，即可用来编写系统软件，也可用来编写应用软件。早期的操作系统等系统软件主要是用汇编语言编写的（包括UNIX操作系统在内）。由于汇编语言依赖于计算机硬件，程序的可读性和可移植性都比较差。为了提高可读性和可移植性，最好改用高级语言，但一般的高级语言难以实现汇编语言的某些功能（汇编语言可以直接对硬件进行操作），例如：对内存地址的操作、位操作等）。人们设想能否找到一种既具有一般高级语言特性，又具有低级语言特性的语言，集它们的优点于一身。于是，C语言就在这种情况下应运而生了。C语言是在B语言的基础上发展起来的，它的根源可以追溯到ALGOL60。1960年出现的ALGOL60是一种面向问题的高级语言，它离硬件比较远，不宜用来编写系统程序。1963年英国的剑桥大学推出了CPL（CombinedProgram-mingLanguage）语言。CPL语言在ALGOL60的基础上接近了硬件一些，但规模比较大，难以实现。1967年英国剑桥大学的MatinRichards对CPL语言作了简化，推出了BCPL（BasicCombinedProgrammingLanguage）语言。1970年美国贝尔实验室的KenThompson以BCPL语言为基础，又作了进一步简化，设计出了很简单的而且很接近硬件的B语言（取BCPL的第一个字母），并用B语言写第一个UNIX操作系统，在PDP-7上实现。1971年在PDP-11/20上实现了B语言，并写了UNIX操作系统。但B语言过于简单，功能有限。1972年至1973年间，贝尔实验室的D.M.Ritchie在B语言的基础上设计出了C语言（取BCPL的第二个字母）。C语言既保持了BCPL和B语言的优点（精练、接近硬件），又克服了它们的缺点（过于简单、数据无类型等）。最初的C语言只是为描述和实现UNIX操作系统提供一种工作语言而设计的。1973年，K.Thom-pson和D.M.ritchie两人合作把UNIX的90%以上用C改写（UNIX第5版。原来的UNIX操作系统是1969年由美国的贝尔实验室的K.Thompson和D.M.Ritchie开发成功的，是用汇编语言写的）。后来，C语言多次作了改进，但主要还是在贝尔实验室内部使用。直到1-975年UNIX第6版公布后，C语言的突出优点才引起人们普遍注意。1977年出现了不依赖于具体机器的C语言编译文本《可移植C语言编译程序》，使C移植到其它机器时所做的工作大大简化了，这也推动了UNIX操作系统迅速地在各种机器上实现。例如，VAX，ATT等计算机系统都相继开发了UNIX。随着UNIX的日益广泛使用，C语言也迅速得到推广。C语言和UNIX可以说是一对孪生兄弟，在发展过程中相辅相成。1978年以后，C语言已先后移植到大、中、小、微型机上，已独立于UNIX和PDP了。现在C语言已风靡全世界，成为世界上应用最广泛的几种计算机语言之一。以1978年发表的UNIX第7版中的C编译程序为基础，BrianW.Kernighan和DennisM.Ritchie(合称KR)合著了影响深远了名著《TheCProgrammingLan-guage》，这本书中介绍的C语言成为后来广泛使用的C语言版本的基础，它被称为标准C。1983年，美国国家标准化协会（ANSI）根据C语言问世以来各种版本对C的发展和扩充，制定了新的标准，称为ANSIC。ANSIC比原来的标准C有了很大的发展。KR在1988年修改了他们的经典著作《TheCProgra-mmingLanguage》，按照ANSIC的标准重新写了该书。1987年，ANSIC又公布了新标准--87ANSIC。目前流行的C编译系统都是以它为基础的。C#:C#是Microsoft公司设计的一种编程语言。它松散地基于C/C++，并且有很多方面和Java类似。Microsoft是这样描述C#的：“C#是从C和C++派生来的一种简单、现代、面向对象和类型安全的编程语言。C#(读做‘Csharp’)主要是从C/C++编程语言家族移植过来的，C和C++的程序员会马上熟悉它。C#试图结合VisualBasic的快速开发能力和C++的强大灵活的能力。”附：一个简单的C#程序是怎样的?可以是这样:classCApplication{publicstaticvoidMain(){System.Console.Write(“Hello，new.NETworld!”);}}(你不能将Main()作为全局函数——C#没有全局函数)C#是面向对象的吗?是的，C#像Java和C++一样，是一个面向对象的语言。C#有自己的类库吗?不，就像所有的.NET语言（VB.Net，JScript.Net）一样，C#访问.NET类库，C#没有自己的类库。C#提供什么标准类型?C#支持的基本类型和C++很相似，包括int,long,float,double,char,string,arrays,structs和classes。然而，不要假设太多，名字可能很形似，但是一些细节不相同。例如C#中的long是64位的，而C++的long取决于平台，32位的平台上是32位的，64位的平台上是64位的。class和struct在C++中几乎完全一样，但在C#中并不是这样的。

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