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go语言解析mat文件 go语言解析html
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go语言中像这样的map如何解析成struct?
可以先转成jsongo语言解析mat文件,再反序列化成定义好go语言解析mat文件的结构体
也可以for循环自己处理
相关问答
Q1: java 应用程序中怎样使 写入的文件格式为mat格式
这个太多太多了,很难讲,只能说说常见的.
A
ACE:Ace压缩档案格式
ACT:Microsoft office助手文件
AIF,AIFF:音频互交换文件,Silicon Graphic and Macintosh应用程序的声音格式
ANI:Windows系统中的动画光标
ARC:LH ARC的压缩档案文件
ARJ:Robert Jung ARJ压缩包文件
ASD:Microsoft Word的自动保存文件;Microsoft高级流媒体格式(microsoft advanced streaming
format,ASF)的描述文件;可用NSREX打开 Velvet Studio例子文件
ASF:Microsoft高级流媒体格式文件
ASM:汇编语言源文件,Pro/E装配文件
ASP:动态网页文件;ProComm Plus安装与连接脚本文件;Astound介绍文件
AST:Astound多媒体文件;ClarisWorks“助手”文件
Axx:ARJ压缩文件的分包序号文件,用于将一个大文件压至几个小的压缩包中(xx取01-99的数字)
A3L:Authorware 3.x库文件
A4L:Authorware 4.x库文件
A5L:Authorware 5.x库文件
A3M,A4M:Authorware Macintosh未打包文件
A3W,A4W,A5W:未打包的Authorware Windows文件
B
BAK:备份文件
BAS:BASIC源文件
BAT:批处理文件
BIN:二进制文件
BINHex:苹果的一种编码格式
BMP:Windows或OS/2位图文件
BOOK:Adobe FrameMaker Book文件
BOX:Lotus Notes的邮箱文件
BPL:Borlard Delph 4打包库
BSP:Quake图形文件
BUN:CakeWalk 声音捆绑文件(一种MIDI程序)
C
C0l:台风波形文件
CAB:Microsoft压缩档案文件
CAD:Softdek的Drafix CAD文件
CAM:Casio照相机格式
CAP:压缩音乐文件格式
CAS:逗号分开的ASCⅡ文件
CCB:Visual Basic动态按钮配置文件
CCH:Corel图表文件
CCO:CyberChat数据文件
CCT:Macromedia Director Shockwave投影
CDA:CD音频轨道
CDF:Microsoft频道定义格式文件
CDI:Philip的高密盘交互格式
CDM:Visual dBASE自定义数据模块文件
CDR:CorelDRAW绘图文件;原始音频CD数据文件
CDT:CorelDRAW模板
CDX:CorelDRAW压缩绘图文件;Microsoft Visual FoxPro索引文件
CFG:配置文件
CGI:公共网关接口脚本文件
CGM:计算机图形元文件
CH:OS/2配置文件
CHK:由Windows磁盘碎片整理器或磁盘扫描保存的文件碎片
CHM:编译过的HTML文件
CHP:Ventura Publisher章节文件
CHR:字符集(字体文件)
CHT:ChartViem文件;Harvard Graphics矢量文件
CIF:Adaptec CD 创建器 CD映像文件
CIL:Clip Gallery下载包
CIM:SimCity 2000文件
CIN:OS/2改变控制文件用于跟踪INI文件中的变化
CLASS:Java类文件
CLP:Windows 剪贴板文件
CLL:Crick Software Clicker文件
CLS:Visual Basic类文件
CMD:Windows NT,OS/2的命令文件;DOS CD/M命令文件;dBASEⅡ程序文件
CPI:Microsoft MS-DOS代码页信息文件
CPL:控制面板扩展名,Corel颜色板
CPP:C++代码文件
CPR:Corel提供说明书文件
CPT:Corel 照片-绘画图像
CST:Macromedia Director Cast文件
CUR:Windows光标文件
D
DBF:dBASE文件,一种由Ashton-Tate创建的格式,可以被ACT!、Lipper、FoxPro、Arago、Wordtech、Xbase和类似数据库或与数据库有关产品识别;可用数据文件(能被Excel
97打开);Oracle 8.1.x表格空间文件
DBX:DataBearn图像;Microsoft Visual FoxPro表格文件
DCT:Microsoft Visual FoxPro数据库容器
DCU:Delphi编译单元文件
DCX:Microsoft Visual FoxPro数据库容器;基于PCX的传真图像;宏
DIR:MacromediaDirector文件
DLL:动态链接库
DOC:FrameMaker或FrameBuilder文档;Word Star文档、Word
Perfect文档、Microsoft:Word文档;DisplayWrite文档
DOT:Microsoft Word文档模板
DPL:Borland Delph 3压缩库
DRV:驱动程序
DRW:Micrografx Designer/Draw;Pro/E绘画文件
DSF:Micrografx Designer VFX文件
DSG:DOOM保存的文件
DSM:Dynamic Studio音乐模块(MOD)文件
DSP:Microsoft Developer Studio工程文件
DSQ:Corel QUERY(查询)文件
DST:刺绣机图形文件
DSW:Microsoft Developer Studio工作区文件
DTA:World Bank(世界银行)的STARS数据文件
DTD:SGML文档类型定义(DTD)文件
DTED:地面高度数字数据(图形的数据格式)文件
DTF:Symantec QA相关的数据库数据文件
DTM:DigiTrakker模块文件
DUN:Microsoft拔号网络导出文件
DV:数字视频文件(MIME)
DWG:AutoCAD工程图文件;AutoCAD或Generic CADD老版本的绘图格式
DXR:Macromedia Director受保护(不可编辑)电影文件
E
EDA:Ensoniq ASR磁盘映像
EDD:元素定义文档(FrameMaker+SGML文档)
EDE:Ensoniq EPS磁盘映像
EDK:Ensoniq KT磁盘映像
EDQ:Ensoniq SQ1/SQ2/Ks32磁盘映像
EDS:Ensoniq SQ80磁盘映像
EDV:Ensoniq VFX-SD磁盘映像
EFA:Ensoniq ASR文件
EFE:Ensoniq EPS文件
EFK:Ensoniq KT文件
EFQ:Ensoniq SQ1/SQ2/Ks32文件
EFS:Ensoniq SQ80文件
EFV:Ensoniq VFX-SD文件
EMD:ABT扩展模块
EMF:Windows增强元文件
EML:Microsoft Outlook Express邮件消息(MIME RTC822)文件
EXE:可执行文件(程序)
F
FAV:Microsoft Outlook导航条
FAX:传真类型图像
FCD:虚拟CD-ROM
FDF:Adobe Acrobat表单文档文件
FLA:Macromedia Flash电影
FND:Microsoft Explorer保存的搜索文件(Find applet)
FON:系统字体
FRT:Microsoft FoxPro报表文件
FRX:Visual Basic表单文本;Microsoft FoxPro报表文件
FXP:经Microsoft FoxPro编译的源文件
G
GDM:铃声、口哨声和声音板模块格式
GetRight:GetRight未完成的下载文件
GHO:Norton 克隆磁盘映像
GID:Windows 95全局索引文件(包括帮助状态)
GIF:CompuServe位图文件
GL:动画格式
GRP:程序管理组
H
HEX:Macintosh BinHex2.0文件
HLP:帮助文件;Date CAD Windows帮助文件
HPP:C++程序头文件
HQX:Macintosh BinHex 4.0文件
HT:HyperTerminal(超级终端)
HTM,HTML:超文本文档
HTT:Microsoft超文本模板
HTX:扩展HTML模板
I
ICO:Windows图标
IDX:Microsoft FoxPro相关数据库索引文件;Symantec QA相关数据库索引文件;Microsoft Outlook
Express文件
IMG:GEM映像
INF:信息文件
INI:初始化文件;Mwave DSP Synth的“nwsynth.ini” GMS安装;Cravis Ultrasound bank安装
INP:Oracle 3.0版或早期版本的表单源代码
INRS:INRS远程通信声频
INS:InstallShield安装脚本;X-Internet签字文件;Ensoniq EPS字簇设备;Cell/ⅡMAC/PC抽样设备
INT:中间代码,当一个源程序经过语法检查后编译产生一个可执行代码
IOF:Findit文档
IQY:Microsoft Internet查询文件
ISO:根据ISD 9660有关CD-ROM文件系统标准列出CD-ROM上的文件
ISP:X-Internet签字文件
IST:数字跟踪设备文件
ISU:InstallShield卸装脚本
IT:脉冲跟踪系统音乐模块(MOD)文件
ITI:脉冲跟踪系统设备
ITS:脉冲跟踪系统抽样,Internet文档位置
IV:Open Inventor中使用的文件格式
IVD:超过20/20微观数据维数或变量等级文件
IVP:超过20/20的用户子集配置文件
IVT:超过20/20表或集合数据文件
IVX:超过20/20微数据目录文件
IW:Idlewild屏幕保护程序
IWC:Install Watch文档
J
J62:Ricoh照相机格式
JAR:Java档案文件(一种用于applet和相关文件的压缩文件)
JAVA:Java源文件
JAR:Java档案文件(一种用于applet和相关文件的压缩文件)
JAVA:Java源文件
JFF,JFIF,JIF:JPEG文件
JPE,JPEG,JPG:JPEG图形文件
JS:javascript源文件
JSP:HTML网页,其中包含有对一个Java servlet的参考
K
KAR:卡拉OK MIDI文件(文本+MIDI)
L
LAB:Visual dBASE标签文件
LBT,LBX:Microsoft FoxPro标签文件
LDB:Microsoft Access加锁文件
LHA:LZH更换文件后缀
LOG:日志文件
LZH:LH ARC压缩档案
M
M1V:MPEG相关文件(MIME"mpeg"类型)
M3D:Corel Motion 3D动画文件
M3U:MPEG URL(MIME声音文件)
MAM:Microsoft Access宏
MAQ:Microsoft Access查询文件
MAR:Microsoft Access报表文件
MBX:Microsoft Outlook保存email格式;Eudora邮箱
MCW:Microsoft Word的Macintosh文档
MDB:Microsoft Access数据库
MDN:Microsoft Access空数据库模板
MDW:Microsoft Access工作组文件
MID:MIDI音乐
MMM:Microsoft多媒体电影
MOV:QuickTime for Windows电影
MP2:第二层MPEG音频文件
MP3:第三层MPEG音频文件
MPA:MPEG相关文件,MIME“mpeg类型”
MPE,MPEG,MPG:MPEG动画文件
MPP:Microsoft工程文件;CAD绘图文件格式
MPR:Microsoft FoxPro菜单(已编译)
MSI:Windows 安装器包
MSN:Microsoft 网络文档;Descent Mission文件
O
OBD:Microsoft Office活页夹
OBJ:对象文件
OBZ:Microsoft Office活页夹向导
OCX:Microsoft对象链接与嵌入定制控件
ODS:Microsoft Outlook Express邮箱文件
OFT:Microsoft Outlook模板
OPX:OPL扩展DLL(动态链接库)
OSS:Microsoft Office查找文件
OST:Microsoft Exchange / Outlook 离线文件
P
PAL:压缩文件
PART:Go!Zilla部分下载文件
PAS:Pascal源代码
PCS:PICS动画文件
PDF:Adobe Acrobat
可导出文档格式文件(可用Web浏览器显示);Microsoft系统管理服务器包定义文件;NetWare打印机定义文件
PHP,PHP3:包含有PHP脚本的HTML网页
PHTML:包含有PHP脚本的HTML网页;由Perl分析解释的HTML
PM5:Pagemaker 5.0文件
PM6:Pagemaker 6.0文件
PPS:Microsoft Powerpoint幻灯片放映
PPT:Microsoft Powerpoint演示文稿
PRF:Windows系统文件,Macromedia导演设置文件
PSD:Adobe photoshop位图文件
PSM:Protracker Studio模型格式;Epic游戏的源数据文件
PST:Microsoft Outlook个人文件夹文件
PWL:Windows 95口令列表文件
Q
QIF:QuickTime相关图像(MIME);Quicken导入文件
QT,QTM:QuickTime电影
QTI,QTIF:QuickTime相关图像
QTP:QuickTime优先文件
QTS:Mac PICT图像文件;QuickTime相关图像
QTX:QuickTime相关图像
R
RA:RealAudio声音文件
RAM:RealAudio元文件
RAR:RAR压缩档案(Eugene Roshall格式)
REC:录音机宏;RapidComm声音文件
REG:注册表文件
REP:Visual dBASE报表文件
RES:Microsoft Visual C++资源文件
RM:RealAudio视频文件
RMF:Rich Map格式(3D游戏编辑器使用它来保存图)
ROM:基于盒式磁带的家庭游戏仿真器文件(来自Atari
2600、Colecovision、Sega、Nintendo等盒式磁带里的ROM完全拷贝,在两个仿真器之间不可互修改)
Rxx:多卷档案上的RAR压缩文件(xx=1~99间的一个数字)
S
SAV:游戏保存文件
SB:原始带符号字节(8位)数据
SBK:Creative Labs的Soundfont 1.0 Bank文件;(Soundb laster)/EMU SonndFont v1.x
Bank文件
SBL:Shockwave Flash对象文件
SCF:Windows Explorer命令文件
SCH:Microsoft Schedule+1
SCP:拨号网络脚本文件
SCR:Windows屏幕保护;传真图像;脚本文件
SFX:RAR自解压档案
SHTML:含有服务器端包括(SSI)的HTML文件
SPL:Shockwave Flash对象;DigiTrakker抽样
SQL:Informix SQL查询;通常被数据库产品用于SQL查询(脚本、文本、二进制)的文件扩展名
STM:.shtml的短后缀形式,含有一个服务端包括(SSI)的HTML文件;Scream Tracker V2音乐模块(MOD)文件
STR:屏幕保护文件
SWA:在Macromedia导演文件(MP3文件)中的Shockwave声音文件 SYS:系统文件
T
T64:Commodore 64仿真器磁带映像文件
THEME:Windows 95桌面主题文件
TIF,TIFF:标签图像文件格式(TIFF)位图
TMP:Windows临时文件
TRM:终端文件
TXT:ASCⅡ文本格式的声音数据
TZ:老的压缩格式文件
V
VBA:VBase文件
VBP:Microsoft Visual Basic工程文件
VBW:Microsoft Visual Basic工作区文件
VBX:Microsoft Visual Basic用户定制控件
VQE,VQL:Yamaha Sound-VQ定位器文件
VQF:Yamaha Sound-VQ文件(可能出现标准)
VRF:Oracle 7配置文件
VSL:下载列表文件(GetRight)
W
WAB:Microsoft Outlook文件
WAD:包含有视频、玩家水平和其他信息的DOOM游戏的大文件
WAL:Quake 2正文文件
WAV:Windows波形声形
WBK:Microsoft Word备份文件
WFM:Visual dBASE Windows表单
WFN:在CorelDRAW中使用的符号
WIZ:Microsoft Word向导
WRL:虚拟现实模型
WWL:Microsoft Word内插器文件
X
XLK:Microsoft Excel备份
XLL:Microsoft Excel内插器文件
XLM:Microsoft Excel宏
XLS:Microsoft Excel工作单
XLT:Microsoft Excel模板
XLV:Microsoft Excel VBA模块
XLW:Microsoft Excel工作簿/工作区
Z
ZAP:Windows软件安装配置文件
ZIP:Zip文件
000-999:用于为老版本(或备份)文件编号(比如:被安装程序改变的CONFIG.SYS文件);又可用于为小范围的PC应用程序的多个用户相关数据文件编号
12M:Lotus 1-2-3 97 SmartMaster文件
123:Lotus 1-2-3 97文件
2D:VersaCAD的2维绘画文件
2GR,3GR:在Windows之下的VGA图形驱动程序/配置文件
386:在386或更高级处理器上使用的文件
3D:VersaCAD的3维绘画文件
3DM:3D NURBS建模器,Rhino
3DS:3D Studio(DOS下)格式文件
386:在386或更高级处理器上使用的文件
4GE:Informix 4GL编译后代码
4GL:Informix 4GL源代码
Q2: GO语言(十一):开始使用多模块工作区
本教程介绍 Go 中多模块工作区的基础知识。使用多模块工作区,您可以告诉 Go 命令您正在同时在多个模块中编写代码,并轻松地在这些模块中构建和运行代码。
在本教程中,您将在共享的多模块工作区中创建两个模块,对这些模块进行更改,并在构建中查看这些更改的结果。
本教程需要 go1.18 或更高版本。使用go.dev/dl中的链接确保您已在 Go 1.18 或更高版本中安装了 Go 。
首先,为您要编写的代码创建一个模块。
1、打开命令提示符并切换到您的主目录。
在 Linux 或 Mac 上:
在 Windows 上:
2、在命令提示符下,为您的代码创建一个名为工作区的目录。
3、初始化模块
我们的示例将创建一个hello依赖于 golang.org/x/example 模块的新模块。
创建你好模块:
使用 . 添加对 golang.org/x/example 模块的依赖项go get。
在 hello 目录下创建 hello.go,内容如下:
现在,运行 hello 程序:
在这一步中,我们将创建一个go.work文件来指定模块的工作区。
在workspace目录中,运行:
该go work init命令告诉为包含目录中模块的工作空间go创建一个文件 。go.work./hello
该go命令生成一个go.work如下所示的文件:
该go.work文件的语法与go.mod相同。
该go指令告诉 Go 应该使用哪个版本的 Go 来解释文件。它类似于文件中的go指令go.mod 。
该use指令告诉 Go在进行构建时hello目录中的模块应该是主模块。
所以在模块的任何子目录中workspace都会被激活。
2、运行工作区目录下的程序
在workspace目录中,运行:
Go 命令包括工作区中的所有模块作为主模块。这允许我们在模块中引用一个包,即使在模块之外。在模块或工作区之外运行go run命令会导致错误,因为该go命令不知道要使用哪些模块。
接下来,我们将golang.org/x/example模块的本地副本添加到工作区。然后,我们将向stringutil包中添加一个新函数,我们可以使用它来代替Reverse.
在这一步中,我们将下载包含该模块的 Git 存储库的副本golang.org/x/example,将其添加到工作区,然后向其中添加一个我们将从 hello 程序中使用的新函数。
1、克隆存储库
在工作区目录中,运行git命令来克隆存储库:
2、将模块添加到工作区
该go work use命令将一个新模块添加到 go.work 文件中。它现在看起来像这样:
该模块现在包括example.com/hello模块和 `golang.org/x/example 模块。
这将允许我们使用我们将在模块副本中编写的新代码,而不是使用命令stringutil下载的模块缓存中的模块版本。
3、添加新功能。
我们将向golang.org/x/example/stringutil包中添加一个新函数以将字符串大写。
将新文件夹添加到workspace/example/stringutil包含以下内容的目录:
4、修改hello程序以使用该功能。
修改workspace/hello/hello.go的内容以包含以下内容:
从工作区目录,运行
Go 命令在go.work文件指定的hello目录中查找命令行中指定的example.com/hello模块 ,同样使用go.work文件解析导入golang.org/x/example。
go.work可以用来代替添加replace 指令以跨多个模块工作。
由于这两个模块在同一个工作区中,因此很容易在一个模块中进行更改并在另一个模块中使用它。
现在,要正确发布这些模块,我们需要发布golang.org/x/example 模块,例如在v0.1.0. 这通常通过在模块的版本控制存储库上标记提交来完成。发布完成后,我们可以增加对 golang.org/x/example模块的要求hello/go.mod:
这样,该go命令可以正确解析工作区之外的模块。
Q3: 驳狗屎文 "我为什么放弃Go语言
此篇文章流传甚广, 其实里面没啥干货, 而且里面很多观点是有问题的. 这个文章在 golang-china 很早就讨论过了.
最近因为 Rust 1.0 和 1.1 的发布, 导致这个文章又出来毒害读者.
所以写了这篇反驳文章, 指出其中的问题.
有好几次,当我想起来的时候,总是会问自己:我为什么要放弃Go语言?这个决定是正确的吗?是明智和理性的吗?其实我一直在认真思考这个问题。
开门见山地说,我当初放弃Go语言(golang),就是因为两个“不爽”:第一,对Go语言本身不爽;第二,对Go语言社区里的某些人不爽。毫无疑问,这是非常主观的结论。但是我有足够详实的客观的论据,用以支撑这个看似主观的结论。
文末附有本文更新日志。
确实是非常主观的结论, 因为里面有不少有问题的观点(用来忽悠Go小白还行).
第0节:我的Go语言经历
先说说我的经历吧,以避免被无缘无故地当作Go语言的低级黑。
2009年底,Go语言(golang)第一个公开版本发布,笼罩着“Google公司制造”的光环,吸引了许多慕名而来的尝鲜者,我(Liigo)也身居其中,笼统的看了一些Go语言的资料,学习了基础的教程,因对其语法中的分号和花括号不满,很快就遗忘掉了,没拿它当一回事。
在2009年Go刚发布时, 确实是因为“Google公司制造”的光环而吸引了(包括文章作者和诸多IT记者)很多低级的尝鲜者.
还好, 经过5年的发展, 这些纯粹因为光环来的投机者所剩已经不多了(Google趋势).
目前, 真正的Go用户早就将Go用于实际的生产了.
说到 其语法中的分号和花括号不满, 我想说这只是你的 个人主观感受, 还有很多人对Go的分号和花括号很满意,
包括水果公司的的 Swift 的语言设计者也很满意这种风格(Swift中的分号和花括号和Go基本相同).
如果只谈 个人主观感受, 我也可以说 Rust 的 fn 缩写也很蛋疼!
两年之后,2011年底,Go语言发布1.0的计划被提上日程,相关的报道又多起来,我再次关注它,重新评估之后决定深入参与Go语言。我订阅了其users、nuts、dev、commits等官方邮件组,坚持每天阅读其中的电子邮件,以及开发者提交的每一次源代码更新,给Go提交了许多改进意见,甚至包括修改Go语言编译器源代码直接参与开发任务。如此持续了数月时间。
这个到是事实, 在 golang-china 有不少吵架的帖子, 感兴趣的可以去挖下, 我就不展开说了.
到2012年初,Go 1.0发布,语言和标准库都已经基本定型,不可能再有大幅改进,我对Go语言未能在1.0定型之前更上一个台阶、实现自我突破,甚至带着诸多明显缺陷走向1.0,感到非常失望,因而逐渐疏远了它(所以Go 1.0之后的事情我很少关心)。后来看到即将发布的Go 1.1的Release Note,发现语言层面没有太大改变,只是在库和工具层面有所修补和改进,感到它尚在幼年就失去成长的动力,越发失望。外加Go语言社区里的某些人,其中也包括Google公司负责开发Go语言的某些人,其态度、言行,让我极度厌恶,促使我决绝地离弃Go语言。
真的不清楚楼主说的可以在 Go1.0 之前短时间内能实现的 重大改进和诸多明显缺陷 是什么.
如果是楼主说前面的 其语法中的分号和花括号不满 之类的重大改进, 我只能说这只是你的 个人主观感受 而已,
你的很多想法只能说服你自己, 没办法说服其他绝大部分人(不要以为像C++或Rust那样什么特性都有就NB了, 各种NB特性加到一起只能是 要你命3000, 而绝对不会是什么 银弹).
Go 1.1的Release Note,发现语言层面没有太大改变. 语言层没有改变是是因为 Go1 作出的向后兼容的承诺. 对于工业级的语言来说, Go1 这个只能是优点. 如果连语言层在每个版本都会出现诸多大幅改进, 那谁还敢用Go语言来做生产开发呢(我承认Rust的改动很大胆, 但也说明了Rust还处于比较幼稚和任性的阶段)?
说 Go语言社区里的某些人固执 的观点我是同意的. 但是这些 固执 的人是可以讲道理的, 但是他们对很多东西的要求很高(特别是关于Go的设计哲学部分).
只要你给的建议有依据(语言的设计哲学是另外一回事情), 他们绝对不会盲目的拒绝(只是讨论的周期会比较长).
关于楼主提交的给Go文件添加BOM的文章, 需要补充说明下.
在Go1.0发布的时候, Go语言的源文件(.go)明确要求必须是UTF8编码的, 而且是无BOM的UTF8编码的.
注意: 这个 无BOM的UTF8编码 的限制仅仅是 针对 Go语言的源文件(.go).
这个限制并不是说不允许用户处理带BOM的UTF8的txt文件!
我觉得对于写Go程序来说, 这个限制是没有任何问题的, 到目前为止, 我还从来没有使用过带BOM的.go文件.
不仅是因为带BOM的.go文件没有太多的意义, 而且有很多的缺陷.
BOM的原意是用来表示编码是大端还是小端的, 主要用于UTF16和UTF32. 对于 UTF8 来说, BOM 没有任何存在的意义(正是Go的2个作者发明了UTF8, 彻底解决了全球的编码问题).
但是, 在现实中, 因为MS的txt记事本, 对于中文环境会将txt(甚至是C/C++源文件)当作GBK编码(GBK是个烂编码),
为了区别到底是GBK还是UTF8, MS的记事本在前面加了BOM这个垃圾(被GBK占了茅坑), 这里的bom已经不是表示字节序本意了. 不知道有没有人用ms的记事本写网页, 然后生成一个带bom的utf8网页肯定很有意思.
这是MS的记事本的BUG: 它不支持生成无BOM的UTF8编码的文本文件!
这些是现实存在的带BOM的UTF8编码的文本文件, 但是它们肯定都不是Go语言源文件!
所以说, Go语言的源文件即使强制限制了无BOM的UTF8编码要求, 也是没有任何问题的(而且我还希望有这个限制).
虽然后来Go源文件接受带BOM的UTF8了, 但是运行 go fmt 之后, 还是会删除掉BOM的(因为BOM就是然并卵). 也就是说 带 BOM 的 Go 源文件是不符合 Go语言的编码风格的, go fmt 会强制删除 BOM 头.
前面说了BOM是MS带来的垃圾, 但是BOM的UTF8除了然并卵之外还有很多问题, 因为BOM在string的开头嵌入了垃圾,
导致正则表达式, string的链接运算等操作都被会被BOM这个垃圾所污染. 对于.go语言, 即使代码完全一样, 有BOM和无BOM会导致文件的MD5之类的校验码不同.
所以, 我觉得Go用户不用纠结BOM这个无关紧要的东西.
在上一个10年,我(Liigo)在我所属的公司里,深度参与了两个编程语言项目的开发。我想,对于如何判断某个编程语言的优劣,或者说至少对于如何判断某个编程语言是否适合于我自己,我应该还是有一点发言权的。
第1节:我为什么对Go语言不爽?
Go语言有很多让我不爽之处,这里列出我现在还能记起的其中一部分,排名基本上不分先后。读者们耐心地看完之后,还能淡定地说一句“我不在乎”吗?
1.1 不允许左花括号另起一行
关于对花括号的摆放,在C语言、C++、Java、C#等社区中,十余年来存在持续争议,从未形成一致意见。在我看来,这本来就是主观倾向很重的抉择,不违反原则不涉及是非的情况下,不应该搞一刀切,让程序员或团队自己选择就足够了。编程语言本身强行限制,把自己的喜好强加给别人,得不偿失。无论倾向于其中任意一种,必然得罪与其对立的一群人。虽然我现在已经习惯了把左花括号放在行尾,但一想到被禁止其他选择,就感到十分不爽。Go语言这这个问题上,没有做到“团结一切可以团结的力量”不说,还有意给自己树敌,太失败了。
我觉得Go最伟大的发明是 go fmt, 从此Go用户不会再有花括弧的位置这种无聊争论了(当然也少了不少灌水和上tiobe排名的机会).
是这优点, Swift 语言也使用和 Go 类似的风格(当然楼主也可能鄙视swift的作者).
1.2 编译器莫名其妙地给行尾加上分号
对Go语言本身而言,行尾的分号是可以省略的。但是在其编译器(gc)的实现中,为了方便编译器开发者,却在词法分析阶段强行添加了行尾的分号,反过来又影响到语言规范,对“怎样添加分号”做出特殊规定。这种变态做法前无古人。在左花括号被意外放到下一行行首的情况下,它自动在上一行行尾添加的分号,会导致莫名其妙的编译错误(Go 1.0之前),连它自己都解释不明白。如果实在处理不好分号,干脆不要省略分号得了;或者,Scala和JavaScript的编译器是开源的,跟它们学学怎么处理省略行尾分号可以吗?
又是楼主的 个人主观感受, 不过我很喜欢这个特性. Swift 语言也是类似.
1.3 极度强调编译速度,不惜放弃本应提供的功能
程序员是人不是神,编码过程中免不了因为大意或疏忽犯一些错。其中有一些,是大家集体性的很容易就中招的错误(Go语言里的例子我暂时想不起来,C++里的例子有“基类析构函数不是虚函数”)。这时候编译器应该站出来,多做一些检查、约束、核对性工作,尽量阻止常规错误的发生,尽量不让有潜在错误的代码编译通过,必要时给出一些警告或提示,让程序员留意。编译器不就是机器么,不就是应该多做脏活累活杂活、减少人的心智负担么?编译器多做一项检查,可能会避免数十万程序员今后多年内无数次犯同样的错误,节省的时间不计其数,这是功德无量的好事。但是Go编译器的作者们可不这么想,他们不愿意自己多花几个小时给编译器增加新功能,觉得那是亏本,反而减慢了编译速度。他们以影响编译速度为由,拒绝了很多对编译器改进的要求。典型的因噎废食。强调编译速度固然值得赞赏,但如果因此放弃应有的功能,我不赞成。
编译速度是很重要的, 如果编译速度够慢, 语言再好也不会有人使用的.
比如C/C++的增量编译/预编译头文件/并发编译都是为了提高编译速度.
Rust1.1 也号称 比 1.0 的编译时间减少了32% (注意: 不是运行速度).
当然, Go刚面世的时候, 编译速度是其中的一个设计目标.
不过我想楼主, 可能想说的是因为编译器自己添加分号而导致的编译错误的问题.
我觉得Go中 { 不能另起一行是语言特性, 如果修复这个就是引入了新的错误.
其他的我真想不起来还有哪些 调编译速度,不惜放弃本应提供的功能 (不要提泛型, 那是因为还没有好的设计).
1.4 错误处理机制太原始
在Go语言中处理错误的基本模式是:函数通常返回多个值,其中最后一个值是error类型,用于表示错误类型极其描述;调用者每次调用完一个函数,都需要检查这个error并进行相应的错误处理:if err != nil { /*这种代码写多了不想吐么*/ }。此模式跟C语言那种很原始的错误处理相比如出一辙,并无实质性改进。实际应用中很容易形成多层嵌套的if else语句,可以想一想这个编码场景:先判断文件是否存在,如果存在则打开文件,如果打开成功则读取文件,如果读取成功再写入一段数据,最后关闭文件,别忘了还要处理每一步骤中出现错误的情况,这代码写出来得有多变态、多丑陋?实践中普遍的做法是,判断操作出错后提前return,以避免多层花括号嵌套,但这么做的后果是,许多错误处理代码被放在前面突出的位置,常规的处理逻辑反而被掩埋到后面去了,代码可读性极差。而且,error对象的标准接口只能返回一个错误文本,有时候调用者为了区分不同的错误类型,甚至需要解析该文本。除此之外,你只能手工强制转换error类型到特定子类型(静态类型的优势没了)。至于panic - recover机制,致命的缺陷是不能跨越库的边界使用,注定是一个半成品,最多只能在自己的pkg里面玩一玩。Java的异常处理虽然也有自身的问题(比如Checked Exceptions),但总体上还是比Go的错误处理高明很多。
话说, 软件开发都发展了半个世纪, 还是无实质性改进. 不要以为弄一个异常的语法糖就是革命了.
我只能说错误和异常是2个不同的东西, 将所有错误当作异常那是SB行为.
正因为有异常这个所谓的银弹, 导致很多等着别人帮忙擦屁股的行为(注意 shit 函数抛出的绝对不会是一种类型的 shit, 而被其间接调用的各种 xxx_shit 也可能抛出各种类型的异常, 这就导致 catch 失控了):
int main() {
try {
shit();
} catch( /* 到底有几千种 shit ? */) {
...
}
}
Go的建议是 panic - recover 不跨越边界, 也就是要求正常的错误要由pkg的处理掉.
这是负责任的行为.
再说Go是面向并发的编程语言, 在海量的 goroutine 中使用 try/catch 是不是有一种不伦不类的感觉呢?
1.5 垃圾回收器(GC)不完善、有重大缺陷
在Go 1.0前夕,其垃圾回收器在32位环境下有内存泄漏,一直拖着不肯改进,这且不说。Go语言垃圾回收器真正致命的缺陷是,会导致整个进程不可预知的间歇性停顿。像某些大型后台服务程序,如游戏服务器、APP容器等,由于占用内存巨大,其内存对象数量极多,GC完成一次回收周期,可能需要数秒甚至更长时间,这段时间内,整个服务进程是阻塞的、停顿的,在外界看来就是服务中断、无响应,再牛逼的并发机制到了这里统统失效。垃圾回收器定期启动,每次启动就导致短暂的服务中断,这样下去,还有人敢用吗?这可是后台服务器进程,是Go语言的重点应用领域。以上现象可不是我假设出来的,而是事实存在的现实问题,受其严重困扰的也不是一家两家了(2013年底ECUG Con 2013,京东的刘奇提到了Go语言的GC、defer、标准库实现是性能杀手,最大的痛苦是GC;美团的沈锋也提到Go语言的GC导致后台服务间隔性停顿是最大的问题。更早的网络游戏仙侠道开发团队也曾受Go垃圾回收的沉重打击)。在实践中,你必须努力减少进程中的对象数量,以便把GC导致的间歇性停顿控制在可接受范围内。除此之外你别无选择(难道你还想自己更换GC算法、甚至砍掉GC?那还是Go语言吗?)。跳出圈外,我近期一直在思考,一定需要垃圾回收器吗?没有垃圾回收器就一定是历史的倒退吗?(可能会新写一篇博客文章专题探讨。)
这是说的是32位系统, 这绝对不是Go语言的重点应用领域!! 我可以说Go出生就是面向64位系统和多核心CPU环境设计的. (再说 Rust 目前好像还不支持 XP 吧, 这可不可以算是影响巨大?)
32位当时是有问题, 但是对实际生产影响并不大(请问楼主还是在用32位系统吗, 还只安装4GB的内存吗). 如果是8位单片机环境, 建议就不要用Go语言了, 直接C语言好了.
而且这个问题早就不存在了(大家可以去看Go的发布日志).
Go的出生也就5年时间, GC的完善和改进是一个持续的工作, 2015年8月将发布的 Go1.5将采用并行GC.
关于GC的被人诟病的地方是会导致卡顿, 但是我以为这个主要是因为GC的实现还不够完美而导致的.
如果是完美的并发和增量的GC, 那应该不会出现大的卡顿问题的.
当然, 如果非要实时性, 那用C好了(实时并不表示性能高, 只是响应时间可控).
对于Rust之类没有GC的语言来说, 想很方便的开发并发的后台程序那几乎是不可能的.
不要总是吹Rust能代替底层/中层/上层的开发, 我们要看有谁用Rust真的做了什么.
1.6 禁止未使用变量和多余import
Go编译器不允许存在被未被使用的变量和多余的import,如果存在,必然导致编译错误。但是现实情况是,在代码编写、重构、调试过程中,例如,临时性的注释掉一行代码,很容易就会导致同时出现未使用的变量和多余的import,直接编译错误了,你必须相应的把变量定义注释掉,再翻页回到文件首部把多余的import也注释掉,……等事情办完了,想把刚才注释的代码找回来,又要好几个麻烦的步骤。还有一个让人蛋疼的问题,编写数据库相关的代码时,如果你import某数据库驱动的pkg,它编译给你报错,说不需要import这个未被使用的pkg;但如果你听信编译器的话删掉该import,编译是通过了,运行时必然报错,说找不到数据库驱动;你看看程序员被折腾的两边不是人,最后不得不请出大神:import _。对待这种问题,一个比较好的解决方案是,视其为编译警告而非编译错误。但是Go语言开发者很固执,不容许这种折中方案。
这个问题我只能说楼主的吐槽真的是没水平.
为何不使用的是错误而不是警告? 这是为了将低级的bug消灭在编译阶段(大家可以想下C/C++的那么多警告有什么卵用).
而且, import 即使没有使用的话, 也是用副作用的, 因为 import 会导致 init 和全局变量的初始化.
如果某些代码没有使用, 为何要执行 init 这些初始化呢?
如果是因为调试而添加的变量, 那么调试完删除不是很正常的要求吗?
如果是因为调试而要导入fmt或log之类的包, 删除调试代码后又导致 import 错误的花,
楼主难道不知道在一个独立的文件包装下类似的辅助调试的函数吗?
import (
"fmt"
"log"
)
func logf(format string, a ...interface{}) {
file, line := callerFileLine()
fmt.Fprintf(os.Stderr, "%s:%d: ", file, line)
fmt.Fprintf(os.Stderr, format, a...)
}
func fatalf(format string, a ...interface{}) {
file, line := callerFileLine()
fmt.Fprintf(os.Stderr, "%s:%d: ", file, line)
fmt.Fprintf(os.Stderr, format, a...)
os.Exit(1)
}
import _ 是有明确行为的用法, 就是为了执行包中的 init 等函数(可以做某些注册操作).
将警告当作错误是Go的一个哲学, 当然在楼主看来这是白痴做法.
1.7 创建对象的方式太多令人纠结
创建对象的方式,调用new函数、调用make函数、调用New方法、使用花括号语法直接初始化结构体,你选哪一种?不好选择,因为没有一个固定的模式。从实践中看,如果要创建一个语言内置类型(如channel、map)的对象,通常用make函数创建;如果要创建标准库或第三方库定义的类型的对象,首先要去文档里找一下有没有New方法,如果有就最好调用New方法创建对象,如果没有New方法,则退而求其次,用初始化结构体的方式创建其对象。这个过程颇为周折,不像C++、Java、C#那样直接new就行了。
C++的new是狗屎. new导致的问题是构造函数和普通函数的行为不一致, 这个补丁特性真的没啥优越的.
我还是喜欢C语言的 fopen 和 malloc 之类构造函数, 构造函数就是普通函数, Go语言中也是这样.
C++中, 除了构造不兼容普通函数, 析构函数也是不兼容普通函数. 这个而引入的坑有很多吧.
1.8 对象没有构造函数和析构函数
没有构造函数还好说,毕竟还有自定义的New方法,大致也算是构造函数了。没有析构函数就比较难受了,没法实现RAII。额外的人工处理资源清理工作,无疑加重了程序员的心智负担。没人性啊,还嫌我们程序员加班还少吗?C++里有析构函数,Java里虽然没有析构函数但是有人家finally语句啊,Go呢,什么都没有。没错,你有个defer,可是那个defer问题更大,详见下文吧。
defer 可以覆盖析构函数的行为, 当然 defer 还有其他的任务. Swift2.0 也引入了一个简化版的 defer 特性.
1.9 defer语句的语义设定不甚合理
Go语言设计defer语句的出发点是好的,把释放资源的“代码”放在靠近创建资源的地方,但把释放资源的“动作”推迟(defer)到函数返回前执行。遗憾的是其执行时机的设置似乎有些不甚合理。设想有一个需要长期运行的函数,其中有无限循环语句,在循环体内不断的创建资源(或分配内存),并用defer语句确保释放。由于函数一直运行没有返回,所有defer语句都得不到执行,循环过程中创建的大量短暂性资源一直积累着,得不到回收。而且,系统为了存储defer列表还要额外占用资源,也是持续增加的。这样下去,过不了多久,整个系统就要因为资源耗尽而崩溃。像这类长期运行的函数,http.ListenAndServe()就是典型的例子。在Go语言重点应用领域,可以说几乎每一个后台服务程序都必然有这么一类函数,往往还都是程序的核心部分。如果程序员不小心在这些函数中使用了defer语句,可以说后患无穷。如果语言设计者把defer的语义设定为在所属代码块结束时(而非函数返回时)执行,是不是更好一点呢?可是Go 1.0早已发布定型,为了保持向后兼容性,已经不可能改变了。小心使用defer语句!一不小心就中招。
前面说到 defer 还有其他的任务, 也就是 defer 中执行的 recover 可以捕获 panic 抛出的异常.
还有 defer 可以在 return 之后修改命名的返回值.
上面2个工作要求 defer 只能在函数退出时来执行.
楼主说的 defer 是类似 Swift2.0 中 defer 的行为, 但是 Swift2.0 中 defer 是没有前面2个特性的.
Go中的defer是以函数作用域作为触发的条件的, 是会导致楼主说的在 for 中执行的错误用法(哪个语言没有坑呢?).
不过 for 中 局部 defer 也是有办法的 (Go中的defer是以函数作用域):
for {
func(){
f, err := os.Open(...)
defer f.Close()
}()
}
在 for 中做一个闭包函数就可以了. 自己不会用不要怪别人没告诉你.
1.10 许多语言内置设施不支持用户定义的类型
for in、make、range、channel、map等都仅支持语言内置类型,不支持用户定义的类型(?)。用户定义的类型没法支持for in循环,用户不能编写像make、range那样“参数类型和个数”甚至“返回值类型和个数”都可变的函数,不能编写像channel、map那样类似泛型的数据类型。语言内置的那些东西,处处充斥着斧凿的痕迹。这体现了语言设计的局限性、封闭性、不完善,可扩展性差,像是新手作品——且不论其设计者和实现者如何权威。延伸阅读:Go语言是30年前的陈旧设计思想,用户定义的东西几乎都是二等公民(Tikhon Jelvis)。
说到底, 这个是因为对泛型支持的不完备导致的.
Go语言是没啥NB的特性, 但是Go的特性和工具组合在一起就是好用.
这就是Go语言NB的地方.
1.11 没有泛型支持,常见数据类型接口丑陋
没有泛型的话,List、Set、Tree这些常见的基础性数据类型的接口就只能很丑陋:放进去的对象是一个具体的类型,取出来之后成了无类型的interface{}(可以视为所有类型的基础类型),还得强制类型转换之后才能继续使用,令人无语。Go语言缺少min、max这类函数,求数值绝对值的函数abs只接收/返回双精度小数类型,排序接口只能借助sort.Interface无奈的回避了被比较对象的类型,等等等等,都是没有泛型导致的结果。没有泛型,接口很难优雅起来。Go开发者没有明确拒绝泛型,只是说还没有找到很好的方法实现泛型(能不能学学已经开源的语言呀)。现实是,Go 1.0已经定型,泛型还没有,那些丑陋的接口为了保持向后兼容必须长期存在着。
Go有自己的哲学, 如果能有和目前哲学不冲突的泛型实现, 他们是不会反对的.
如果只是简单学学(或者叫抄袭)已经开源的语言的语法, 那是C++的设计风格(或者说C++从来都是这样设计的, 有什么特性就抄什么), 导致了各种脑裂的编程风格.
编译时泛型和运行时泛型可能是无法完全兼容的, 看这个例子:
type AdderT interface {
Add(a, b T) T
}
Q4: golang怎么实现psd
您好,Go语言可以实现PSD,它是一种静态类型的编程语言,可以用来开发各种应用程序。Go语言拥有简单的语法,可以让开发者快速地实现PSD。Go语言支持多种编程范式,可以用来实现面向对象、函数式编程和过程式编程等。Go语言拥有强大的标准库,可以提供开发者丰富的功能,例如网络通信、文件系统操作、数据结构操作等。Go语言还支持多种编程框架,可以用来实现PSD。Go语言还支持多种编程工具,可以帮助开发者更快地实现PSD。总之,Go语言是一种强大的编程语言,可以帮助开发者快速实现PSD。
Q5: ATAC-seq专题---生信分析流程
ATAC-seq信息分析流程主要分为以下几个部分go语言解析mat文件:数据质控、序列比对、峰检测、motif分析、峰注释、富集分析go语言解析mat文件,下面将对各部分内容进行展开讲解。
下机数据经过过滤去除接头含量过高或低质量的reads,得到clean reads用于后续分析。常见的trim软件有Trimmomatic、Skewer、fastp等。fastp是一款比较新的软件,使用时可以用--adapter_sequence/--adapter_sequence_r2参数传入接头序列,也可以不填这两个参数,软件会自动识别接头并进行剪切。如go语言解析mat文件:
fastp \
--in1 A1_1.fq.gz \ # read1原始fq文件
--out1 A1_clean_1.fq.gz \ # read1过滤后输出的fq文件
--in2 A1_2.fq.gz \ # read2原始fq文件
--out2 A1_clean_2.fq.gz \ # read2过滤后输出的fq文件
--cut_tail \ #从3’端向5’端滑窗,如果窗口内碱基的平均质量值小于设定阈值,则剪切
--cut_tail_window_size=1 \ #窗口大小
--cut_tail_mean_quality=30 \ #cut_tail参数对应的平均质量阈值
--average_qual=30 \ #如果一条read的碱基平均质量值小于该值即会被舍弃
--length_required=20 \ #经过剪切后的reads长度如果小于该值会被舍弃
fastp软件的详细使用方法可参考:。fastp软件对于trim结果会生成网页版的报告,可参考官网示例和,也可以用FastQC软件对trim前后的数据质量进行评估,FastQC软件会对单端的数据给出结果,如果是PE测序需要分别运行两次来评估read1和read2的数据质量。
如:
fastqc A1_1.fq.gz
fastqc A1_2.fq.gz
FastQC会对reads从碱基质量、接头含量、N含量、高重复序列等多个方面对reads质量进行评估,生成详细的网页版报告,可参考官网示例:
经过trim得到的reads可以使用BWA、bowtie2等软件进行比对。首先需要确定参考基因组fa文件,对fa文件建立索引。不同的软件有各自建立索引的命令,BWA软件可以参考如下方式建立索引:
bwa index genome.fa
建立好索引后即可开始比对,ATAC-seq推荐使用mem算法,输出文件经samtools排序输出bam:
bwa mem genome.fa A1_clean_1.fq.gz A1_clean_2.fq.gz
| samtools sort -O bam -T A1 A1.bam
值得注意的是,在实验过程中质体并不能完全去除,因此会有部分reads比对到质体序列上,需要去除比对到质体上的序列,去除质体序列可以通过samtools提取,具体方法如下:首先将不含质体的染色体名称写到一个chrlist文件中,一条染色体的名称写成一行,然后执行如下命令即可得到去除质体的bam
samtools view -b A1.bam $chrlist A1.del_MT_PT.bam
用于后续分析的reads需要时唯一比对且去重复的,bwa比对结果可以通过MAPQ值来提取唯一比对reads,可以用picard、sambamba等软件去除dup,最终得到唯一比对且去重复的bam文件。
比对后得到的bam文件可以转化为bigWig(bw)格式,通过可视化软件进行展示。deeptools软件可以实现bw格式转化和可视化展示。首先需要在linux环境中安装deeptools软件,可以用以下命令实现bam向bw格式的转换:
bamCoverage -b A1.bam -o A1.bw
此外,可以使用deeptools软件展示reads在特定区域的分布,如:
computeMatrix reference-point \ # reference-pioint表示计算一个参照点附近的reads分布,与之相对的是scale-regions,计算一个区域附近的reads分布
--referencePoint TSS \#以输入的bed文件的起始位置作为参照点
-S A1.bw \ #可以是一个或多个bw文件
-R gene.bed \ #基因组位置文件
-b 3000 \ #计算边界为参考点上游3000bp
-a 3000 \ #计算边界为参考点下游3000bp,与-b合起来就是绘制参考点上下游3000bp以内的reads分布
-o A1.matrix.mat.gz \ #输出作图数据名称
#图形绘制
plotHeatmap \
-m new_A1.matrix.mat.gz \ #上一步生成的作图数据
-out A1.pdf \ # 输出图片名称
绘图结果展示:
MACS2能够检测DNA片断的富集区域,是ATAC-seq数据call peak的主流软件。峰检出的原理如下:首先将所有的reads都向3'方向延伸插入片段长度,然后将基因组进行滑窗,计算该窗口的dynamic λ,λ的计算公式为:λlocal = λBG(λBG是指背景区域上的reads数目),然后利用泊松分布模型的公式计算该窗口的显著性P值,最后对每一个窗口的显著性P值进行FDR校正。默认校正后的P值(即qvalue)小于或者等于0.05的区域为peak区域。需要现在linux环境中安装macs2软件,然后执行以下命令:
macs2 callpeak \
-t A1.uni.dedup.bam \ #bam文件
-n A1 \ # 输出文件前缀名
--shift -100 \ #extsize的一半乘以-1
--extsize 200 \ #一般是核小体大小
--call-summits #检测峰顶信息
注:以上参数参考文献(Jie Wang,et.al.2018.“ATAC-Seq analysis reveals a widespread decrease of chromatin accessibility in age-related macular degeneration.”Nature Communications)
ATAC分析得到的peak是染色质上的开放区域,这些染色质开放区域常常预示着转录因子的结合,因此对peak区域进行motif分析很有意义。常见的motif分析软件有homer和MEME。以homer软件为例,首先在linux环境中安装homer,然后用以下命令进行motif分析:
findMotifsGenome.pl \
A1_peaks.bed \ #用于进行motif分析的bed文件
genome.fa \ #参考基因组fa文件
A1 \ #输出文件前缀
-size given \ #使用给定的bed区域位置进行分析,如果填-size -100,50则是用给定bed中间位置的上游100bp到下游50bp的区域进行分析
homer分析motif的原理及结果参见:
根据motif与已知转录因子的富集情况可以绘制气泡图,从而可以看到样本与已知转录因子的富集显著性。
差异peak代表着比较组合染色质开放性有差异的位点,ChIP-seq和ATAC-seq都可以用DiffBind进行差异分析。DiffBind通过可以通过bam文件和peak的bed文件计算出peak区域标准化的readcount,可以选择edgeR、DESeq2等模型进行差异分析。
在科研分析中go语言解析mat文件我们往往需要将peak区域与基因联系起来,也就是通过对peak进行注释找到peak相关基因。常见的peak注释软件有ChIPseeker、homer、PeakAnnotator等。以ChIPseeker为例,需要在R中安装ChIPseeker包和GenomicFeatures包,然后就可以进行分析go语言解析mat文件了。
library(ChIPseeker)
library(GenomicFeatures)
txdb- makeTxDbFromGFF(‘gene.gtf’)#生成txdb对象,如果研究物种没有已知的TxDb,可以用GenomicFeatures中的函数生成
peakfile -readPeakFile(‘A1_peaks.narrowPeak’)#导入需要注释的peak文件
peakAnno - annotatePeak(peakfile,tssRegion=c(-2000, 2000), TxDb=txdb)
# 用peak文件和txdb进行peak注释,这里可以通过tssRegion定义TSS区域的区间
对于peak注释的结果,也可以进行可视化展示,如:
p - plotAnnoPie(peakAnno)
通过注释得到的peak相关基因可以使用goseq、topGO等R包进行GO富集分析,用kobas进行kegg富集分析,也可以使用DAVID在线工具来完成富集分析。可以通过挑选感兴趣的GO term或pathway进一步筛选候选基因。
关于go语言解析mat文件和go语言解析html的介绍到此就结束了,不知道你从中找到你需要的信息了吗 ?如果你还想了解更多这方面的信息,记得收藏关注本站。







