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【R语言】解决GO富集分析绘图，标签重叠问题

前面我给大家详细介绍过

☞GO简介及GO富集结果解读

☞四种GO富集柱形图、气泡图解读

☞GO富集分析四种风格展示结果—柱形图，气泡图

☞KEGG富集分析—柱形图，气泡图，通路图

☞ DAVID GO和KEGG富集分析及结果可视化

也用视频给大家介绍过

☞ GO和KEGG富集分析视频讲解

最近有粉丝反映说，利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候，发现GO条目的名字都重叠在一起了。

气泡图

柱形图

这个图别说美观了，简直不忍直视。经过我的认真研究，发现跟R版本有关。前面我给大家展示的基本都是R 3.6.3做出来的图。很多粉丝可能用的都是最新版本的R 4.1.2。

我们知道R的版本在不停的更新，相应的R包也在不停的更新。我把绘制气泡图和柱形图相关的函数拿出来认真的研究了一下，终于发现的症结所在。

dotplot这个函数，多了个 label_format 参数

我们来看看这个参数究竟是干什么用的，看看参数说明

label_format :

a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters

原来这个参数默认值是30，当标签的长度大于30个字符就会被折叠，用多行来展示。既然问题找到了，我们就来调节一下这个参数，把他设置成100，让我们的标签可以一行展示。

是不是还是原来的配方，还是熟悉的味道

同样的柱形图，我们也能让他恢复原来的容貌。

关于如何使用R做GO和KEGG富集分析，可参考下文

GO和KEGG富集分析视频讲解

相关问答

Q1: 《R语言实战》自学笔记66-气泡图

数据准备

气泡图（bubble plot）：在二维散点图的基础上，用点的大小来代表第三个变量的值。

symbols()函数来创建气泡图。该函数可以在指定的(x, y)坐标上绘制圆圈图、方形图、星形图、温度计图和箱线图。

symbols(x, y, circle=radius)

其中x、y和radius是需要设定的向量，分别表示x、y坐标和圆圈半径。

你可能想用面积而不是半径来表示第三个变量，那么按照圆圈半径的公式（r = /πA ）变换即可:

symbols(x, y, circle=sqrt(z/pi))

一般来说，统计人员使用R时都倾向于避免用气泡图，原因和避免使用饼图一样：相比对长度的判断，人们对体积/面积的判断通常更困难。

参考资料：

Q2: 如何用R语言画气泡图

坐标为x,y的点图 点的size 用另一变量Z控制。

ggplot(data=,aes(x= ,y= ))+geom_point(size= )

Q3: R语言可视化之ggplot2——KEGG通路富集分析

之前分享了如何用ggplot2可视化GO分析的结果。既然做了GO，当然少不了KEGG了。

同样的，我们从 DAVID 获取KEGG pathway的结果。

对于KEGG，我比较喜欢做气泡图，这样用两种形式的图结合在一起，效果更丰富更好看一点。

Q4: 如何使用R语言的ggplot2包画气泡图

ggplot2：不用说，画图神器

reshape2：变形，整合

stringr：处理字符串

lubridate：处理时间

RODBC：链接数据库

plyr：拆分，合并，重组。

knitr：谢益辉，自动化报告包

ggmap：ggplot2+map的一个包，主要用来画地图，但是ggplot2的功能也都有

animation：谢益辉，动画包

formatR：谢益辉，整理代码的包

googleVis：利用google的API，可以生成动态气泡图之类

data.table：大的数据，用它取子集等，不怎么会。

关于r语言go气泡图和r语言气泡图怎么做的介绍到此就结束了，不知道你从中找到你需要的信息了吗 ？如果你还想了解更多这方面的信息，记得收藏关注本站。