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如何进行转录组数据分析?

1、GSEA在对基因表达数据分析时，首先确定分析的目的，即选择MSigDB中的一个或多个功能基因集进行分析。

2、高通量测序：将构建好的文库进行高通量测序，可以使用NGS技术。测序得到的数据将成为后续分析的基础。数据分析：对测序数据进行生物信息学分析。

3、数据来源假设有两个不同组织（PR和SR），每个组织各区三个样本，一共六个样本，利用illumina平台进行转录组测序，得到双端测序数据。

4、接下来，我们将合并后的数据按样本分割成多个不同的数据集，并分别对每个样本的数据进行数据标准化 (log-normalization)，筛选高变基因。我们使用 FindIntegrationAnchors 函数鉴定用于多样本数据整合的anchors。

5、数据质量控制：检查原始测序数据的质量，去除低质量的读段（reads）。序列比对：将质量控制后的读段与参考基因组或转录本数据库比对，以确定它们的位置。

6、先登录界面找到这个数据集所在位置：https：//？acc=GSE52778 点击SRA Run selector 究计划的总体描述；项目通常涉及多个样本和数据集。

Q1: DNA和蛋白质序列数据分析工具的图书目录

Entrez是NCBI的为用户提供整合的访问序列，定位，分类，和结构数据的搜寻和检索系统。Entrez同时也提供序列和染色体图谱的图形视图。Entrez是一个用以整合NCBI资料库中信息的搜寻和检索工具。

包括生物学数据的研究、存档、显示、处理和模拟，基因遗传和物理图谱的处理，核苷酸和氨基酸序列分析，新基因的发现和蛋白质结构的预测等。

有的情况下，某个蛋白质与已知功能蛋白质的整体序列相似性很低，但由于功能的需要保留了与功能密切相关的序列模式，这样就可能通过PROSITE的搜索找到隐含的功能motif，因此是序列分析的有效工具。

该数据库是动态的、开放的、高度互动并持续更新的。它有助于研究PTMs在正常和病理细胞/组织中的作用，同时它也是发现新的疾病标志物和药物靶点的有力工具。

EMBL致力于研究生物学和医学领域的分子生物学和遗传学数据，并提供相关的数据存储、处理和分析工具。EMBL数据库包含大量DNA序列、蛋白质序列以及结构生物学数据，还包括基因组注释和遗传学数据。

Site（NCBI站点）。 GenBank可以与DNA Star软件结合使用，进行基因序列分析和比对。GenBank 是一个开放获取的序列数据库，对所有公开可利用的核苷酸序列与其翻译的蛋白质进行收集并注释。

Q2: 如何使用新版BLAST验证引物特异性

1、首先使用BLAST检索，确认引物特异性。其次进入NCBI官网，选择在Nucleotide数据库中搜索 SARS-CoV-2的核酸序列。最后可以看到很多详细信息，点击进入。

2、这个工具整合了目前流行的Primer3软件，再加上NCBI的 Blast进行引物特异性的验证。Primer-BLAST免除了用另一个站点或工具设计引物的步骤，设计好的引物程序直接用Blast进行引物特异性验证。

3、如果引物拿到了，做个PCR看看结果，大小是不是和预期一样，条带是否单一，如果都是问题就不大。

4、step3：将这对引物重新输入NCBI-BLAST-primer-blast的上下游引物框中，点击Get primers，发现这对引物扩增出来的基因就只有Syt4基因，说明这对引物特异性很好。 step4：进入UCSC-Tools--In-Silico PCR，输入上下游引物，点击提交，即可。

5、看你的引物是否落在别的基因上，类似于同源性blast。

Q3: 生信基因功能分析工具:Orthofinder使用教程

1、直系同源基因分析常见两个软件： Orthofinder 和 OrthoMCL ，本系列教程使用Orthofinder-（嘿，主要是这个软件安装和运行的十分简单）。软件安装是相对比较简单。

2、OrthoFinder是比较基因组学中的实用的，运行快速，准确的全面的工具。它的主要功能是，找到了正交群和直系同源物，推断出所有正交群的根基因树，并识别那些基因树中的所有基因重复事件。

3、构建树的教程： https：// （5）分化时间分析 divergence time，本实验使用mcmctree 是PAML 软件包的一个功能。

4、然后对序列最长CDS序列进行提取，并将物种名称加到ID的前面，得到如下格式：这里使用 OrthoFinder寻找同源基因并建树，得到直系单拷贝同源基因和物种系统发育树结果。

Q4: 在NCBI中如何查询基因的功能

打开NCBI的主页（https：//），在搜索框中输入您感兴趣的基因名称或序列号码，点击搜索按钮。在搜索结果页面中，您可以看到相关的基因信息，包括基因名称、序列长度、物种来源等。

ORF的数据在进入NCBI主页的右下侧一个叫ORFfinder的超链接里，点击进去后输入相应序列的mRNA序列，然后再点击ORF find就可以预测处它的ORF，但是往往会有很多结果，一般来说第一个结果是真实的，其余的都是假阳性的。

打开NCBI主页 2 左边search里面选择GENE 右边的对话框里输入你想要的基因名称 3 在出来的所有条目第一行后面都有种属表明，比如Homo sapiens是人Felis catus是猫。选择你想要的种属。

就在NCBI里gene数据库输入名称就能查啊，如果有的话点进去就有注释。没有的话那就用BLASTN比对看跟其他基因是否有同源性，推测其功能了。

胰岛素的英文名你总知道吧？随便翻本字典就有。然后打开NCBI主页，下拉菜单里选gene，然后后面输入胰岛素英文名，点go就行了。

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