用r语言将go功能富集作图，如何用r语言进行kegg富集分析

R语言:clusterProfiler进行GO富集分析和Gene_ID转换

)检查结果，可见geneID展示为gene symbol。（1）在enrichGO函数中，设置readable = TRUE；(2)用setReadable函数，对GO或者KEGG结果进行转化即可。

对于没有转换的gene ID，clusterProfiler也提供了 bitr 方法进行转换ID：可以看到，这里转换ID的对应文件来源于org.Hs.eg.db这个包。

最近有粉丝反映说，利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候，发现GO条目的名字都重叠在一起了。气泡图 柱形图 这个图别说美观了，简直不忍直视。经过我的认真研究，发现跟R版本有关。

相关问答

Q1: 非模式生物GO、KEGG富集分析

KEGG指的是京都基因与基因组百科全书，通常我们使用KEGG中的pathway模块，将基因映射到某些通路上，了解基因参与生物体中的代谢过程等。

Gokegg富集分析是一种生物信息学工具，用于分析一组基因在细胞、组织或生物体中是否具有共同的生物学功能或通路。它可以将不同基因集之间的差异性比较和功能注释结果整合起来，进而预测哪些生物学过程与不同基因集相关联。

KEGG分析是通过对基因的表达信息进行分析来确定基因的功能的。GO分析和KEGG分析的主要区别在于它们所依据的数据不同。GO分析是基于序列信息的，而KEGG分析是基于表达信息的。

Q2: 怎么用origin做go分析图

1、首先双击OriginPro 8快捷键，打开Origin软件的工作界面，如下图所示。然后在Long Name处填名称，Units处填单位，Comments处可填备注信息或者不填。

2、打开Origin绘图软件。在“Date1”界面右键，选择“Addnewcolumn”，添加新的Y轴。在“Date1”界面中输入数据。选中数据区域，点击左下角“line+symbol”按钮，绘制出数据图。

3、首先，将所需的数据导入origin，可以获得数据，单击鼠标左键以选择图中光标位置，如下图所示，然后进入下一步。其次，将出现小框，并且当鼠标移动小框时，将显示第3步的数据。

Q3: 【R语言】解决GO富集分析绘图,标签重叠问题

1、最近有粉丝反映说，利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候，发现GO条目的名字都重叠在一起了。气泡图 柱形图 这个图别说美观了，简直不忍直视。经过我的认真研究，发现跟R版本有关。

2、方法二是方法一的逆向思路，既然可以调大画布，那么反过来，我们也可以调小x轴标签字体。绘图结果：只要我们将纵向柱状图改成横向柱状图，那么就不会存在这种问题。

3、在是否需要构建的问题上，我看到徐洲更在 功能注释后如何做富集分析 中提到 “你不需要构建Orgdb，因为Orgdb的用途是进行基因编号和GO/KEGG的转换。

Q4: 求助Cytoscape软件中的ClueGO插件使用方法

假基因-miRNA-mRNA调控网络 的构建，这是非编码RNA的基本套路，Cytoscape分析。 功能富集分析 ：此处不是常规的分析方法，用到了Cytoscape的插件 ClueGo 。

关于用r语言将go功能富集作图和如何用r语言进行kegg富集分析的介绍到此就结束了，不知道你从中找到你需要的信息了吗 ？如果你还想了解更多这方面的信息，记得收藏关注本站。