生物信息Python-从入门到精通？

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Python开发的方向太多了，有机器学习，数据挖掘，网络开发，爬虫等等。其实在生信领域，Python还显现不出绝对的优势，生信的大部分软件流程都是用shell或Perl写的，而且已经足够好用了。我选Python是因为我想顺便学点数据挖掘和机器学习的东西，而且Python这些年越来越火，发展势头远超其他脚本语言，所以学它肯定是没错的。

一、入门标准

入门比较难定义，什么程度才算入门呢？

1. 掌握基本的语法，熟练使用python的内置类型、内置函数和数据结构。
2. 了解一些基本的模块的使用，能够实现一些简单的需求。

后面有一个实例，如果你能简单的做完，那我敢肯定你已经入门了。

二、基本知识点

1.基本语法

缩进：Python是通过代码缩进来决定代码层次逻辑的，一般约定使用4个空格

版本问题：主要包括2.x系列的和3.x系列的，两者语法不同且不兼容，有的模块只能在指定版本下安装。建议使用3.x Python，碰到特殊问题再去使用指定版本

文件编码声明：python会去环境变量里寻找python解释器。如果代码里有中文，则要以utf-8编码

#!/usr/bin/env python
#-*- coding: utf-8 –*-

变量定义：使用前要先定义

dir()：列出一个数据类型或对象的所有方法，非常好用，同help()

文件操作：f = open()，f.close()；with open() as f: ，os.path.exists()，os.path.isfile()，os.path.abspath()

目录操作：os.mkdir()，os.rmdir()，os.listdir()，os.chdir()

开发环境选择：

Sublime Text 对Python支持挺好，轻量级生化武器（推荐）
Eclipse+Pydev比较厚重，大型开发比较适合
Vim/Atom
PyCharm
IPython
WingIDE

2.处理数据

2.1 基本数据类型：布尔；整型；浮点型；字符串

# 字符串的内置函数，都比较有用

'capitalize', 'casefold', 'center', 'count', 'encode', 'endswith', 'expandtabs', 'find', 'format', 'format_map', 'index', 'isalnum', 'isalpha', 'isdecimal', 'isdigit', 'isidentifier', 'islower', 'isnumeric', 'isprintable', 'isspace', 'istitle', 'isupper', 'join', 'ljust', 'lower', 'lstrip', 'maketrans', 'partition', 'replace', 'rfind', 'rindex', 'rjust', 'rpartition', 'rsplit', 'rstrip', 'split', 'splitlines', 'startswith', 'strip', 'swapcase', 'title', 'translate', 'upper', 'zfill'

2.2 基本数据结构：列表、元组、字典、集合。数据结构就是一种容器，用于在内存中存放我们的数据。

列表：任意元素组成的顺序序列，以位置为索引。

# 列表的内置函数

'append', 'clear', 'copy', 'count', 'extend', 'index', 'insert', 'pop', 'remove', 'reverse', 'sort'

元组：相当于不可变的列表，防止错误修改，节省内存开销。元组解包

# 元组的内置函数

'count', 'index'

字典：键值对，没有顺序，键必须是常量。

# 字典内置函数

'clear', 'copy', 'fromkeys', 'get', 'items', 'keys', 'pop', 'popitem', 'setdefault', 'update', 'values'

集合：没有顺序，元素之间没有重复，相当于舍弃了值的字典。集合操作（&，|，-，^，<，<=，>，>=）

# 集合内置函数

'add', 'clear', 'copy', 'discard', 'pop', 'remove', 'update'
'isdisjoint','issuperset','issubset','symmetric_difference','difference','union', 'intersection', 'symmetric_difference_update','intersection_update','difference_update',

2.3 控制语句

条件：if…else…

循环：for，while，break，continue

2.4 模块使用

Python有着非常友好的模块安装方法，一个pip install命令几乎可以安装绝大多数的模块。建议使用模块前多看相关API文档。

最常用的模块有：sys，os，re，csv，gzip，fileinput，random，collections，time；百度上有很多很好的模块使用入门教程。