python分割fasta文件，python文件分块

怎样用r程序分割fasta文件

1、C：\LABawk /^/ && i++%2==0{j++} {print \out_file\ j \.txt\} in_fasta.txt 似乎达到了要求。

2、vcfR 可以直接读取vcf格式的数据。如果同时读取参照序列fasta格式的序列文件和gff格式文件的注释文件还可以获取更完整的信息(此步骤并非必须，可以只读取vcf数据)。在此处便于重复用到了 pinfsc50 包。

3、使用paml软件里的mcmctree功能需要phylip格式的比对结果，找了以下，发现用R包phylotools转化最方便，另外提醒一下要用mcmctree的朋友，我发现mcmctree的序列名字长度不能超过50个字符，如果超出的话，建议先改名字再转化。

4、导入数据语句为mydata-read.csv(file.choose())，输入到R语言后按回车即可选择文件夹位置，选择要分析的.csv数据导入。数据导入后可以edit(mydata)，R语言工作区就会弹出数据，可以进行编辑和修改。

相关问答

Q1: 利用gff提取某个基因的最长转录本(Python实现)

最近做了一个事情就是，注释出来的初始基因组pep文件会存在许多个转录本，很多冗余的氨基酸序列，我们需要去除这些冗余，取最长的那个转录本。

首先是用gffread提取cds序列，蛋白序列，转录本序列 接下来我们利用组合工具来提取mRNA，和gene序列 a.gene.fa就是我们需要的文件，同理也可以得到a.mRNA.fa。再利用提取最长转录本脚本，获得基因中最长可变剪切的序列。

很久很久以前，我就已经写过 GFF3/GTF 注释信息的部分提取功能。每一个GXF文件，往往包含的两万个左右基因（数万个转录本）的外显子，CDS等信息。而我们一般感兴趣的，常常只是其中的一些基因或转录本。

Q2: 一个fasta格式序列用python求GC含量

1、GC content可以自己写脚本计算： python：计算fasta的GC含量 利用GC depth数据可对组装序列可视化（bin着色）数据 ggplot geom_point 来自参考 第二参考给的图如上，如果其中有独立序列簇，应该可以认为是存在生物污染。

2、在日常分析中，我们常常手上会有一个 Fasta 序列文件，文件可能很小，数十 Kb，也可能很大 数十 Gb。当然，可以使用 TBtools 的 Big File View 进行快速浏览。

3、函数的对象间的循环引用是导致内存泄漏的主凶。但没有__del__()函数的对象间的循环引用是可以被垃圾回收器回收掉的。如何知道一个对象是否内存泄露掉了呢？可以通过Python的扩展模块gc来查看不能回收掉的对象的详细信息。

Q3: 用BEDtools/Python序列截取

1、以下运行得到的结果仍然是blast的tabular格式(之后可以经过一些简单的shell命令处理，可转成bed格式，结合bedtools批量提取序列)。

2、https：//gffutils.readthedocs.io/en/latest/gtf2bed.html 参考：https：// 这篇文章作者写了一个python脚本可以把bed6转化为bed12。

3、序列中的索引操作 序列中的元素都是有序的，每一个元素都带有序号，这个序号叫 索引。索引有正值索引和负值索引之分。加乘操作 切片操作 序列的切片（Slicing）就是从序列中切分出小的子序列。

4、第一步：to_datetime() 第二步：astype(datetime64[D])，astype(datetime64[M])本例中：order_dt_diff必须是Timedelta(0 days 00：00：00)格式，可能是序列使用了diff() 或者pct_change()。

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