linux更改mpi命令 linux mv命令改名

在linux下搭建intel-mpi，可以在个人笔记本上实验么

一.配置安装MPI

1.先在官网下载openmpi安装包(Linux版):下载MPI

2.然后通过一下命令安装：

解压：

tar -zxvf openmpi-1.6.4.tar.gz

进入到解压文件目录下：

cd openmpi-1.6.4

执行：(在这一步之前，要确保已经安装g++，没有安装可以输入命令：sudo apt-get install g++进行安装)

./configure

安装所有文件：（这一步会花几分钟的时间，慢慢等待）

make all install

为/etc/profile文件添加库共享路径，（默认情况下，MPI的库文件在/usr/local/lib目录下），执行sudo geidt /etc/profile,然后在其中加入一行export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/lib

执行下面命令，使配置的文件有效：

source /etc/profile

到这里MPI就已经配置完成了！

接下来测试一下：

测试成功！！！（如果出现：“cannont open shared object file…”的情况，需要重新编译source /etc/profile）

二、安装eclipse，下载eclipse。下载完毕，直接解压运行即可。

三、给eclipse装PTP插件

打开eclipsehelpinstall new softwareadd,然后输入需要安装的PTP……

安装完成！

相关问答

Q1: Linux-Ubuntu open-mpi运行错误

我在win10Linux子系统下使用mpirun多线程运行ABySS基因组拼接软件的时候，出现以下错误提示：

结果就是无法运行多线程，跑了一夜的程序没有任何动静，似乎是卡死了。 Google 到的解决方案：

root用户，终端运行如下命令：

"ptrace_scope"文件中原来的值为“1”，改成“0”就可以了。

Q2: 如何在vmware配置linux下的mpi

虚拟机CentOS中配置MPI多节点并行计算完整版，这是一个新手教程，从一个空白的CentOS到能正常运行的基础环境，尽量详细写了每个步骤

我的环境如下：

宿主机：Windows 10 Pro

虚拟机：VMware 12 + CentOS 6.6

一、 虚拟机网络配置实现多节点互访

硬件资源有限，所以我只开了两台虚拟机均为 Centos 6.6。

1．修改网卡配置文件

/etc/sysconfig/network-scripts/ifcfg-eth0 将其中内容修改如下：

DEVICE=eth0

HWADDR=00:0C:29:A0:3A:CA

TYPE=Ethernet

UUID=bf583745-f834-451c-890c-39821a590543

ONBOOT=yes

NM_CONTROLLED=yes

BOOTPROTO=static

IPADDR=192.168.207.128

NETMASK=255.255.255.0

DNS1=192.168.207.2

将每一台虚拟机都如此配置，IPADDR是ip地址，不要重复

2．修改网关及主机名

/etc/sysconfig/network

ETWORKING=yes

HOSTNAME=node1

NTPSERVERARGS=iburst

GATEWAY=192.168.207.2

一些文章中提到还需要修改VMware的设置（关闭本地DHCP服务），实际上，Centos 中设置好后就不需要动VMware的设置了

二、 在虚拟机中添加同名用户

在不同节点中需要有同名的用户以方便免密码SSH连接

node1和node2中以root用户执行下列命令

# useradd mpiuser

三、 实现免密码SSH登陆

当前节点为node1，用户为mpiuser，工作目录为 ~ 家目录

1．生成 SSH 私钥对

$ ssh-keygen -t rsa 一路回车就好

2．进入 .ssh 目录

$ cd ./.ssh

3．生成authorized_keys文件

$ cp id_rsa.pub authorized_keys

4．回到mpiuser的家目录

$ cd ~

5．建立本身的信任连接

$ ssh node1

6．设置 node2

$ ssh-keygen -t rsa 生成.ssh文件夹

$ scp node1:~/.ssh/* ./ 拷贝node1上的.ssh文件夹到node2

# scp node1:/etc/hosts /etc/hosts 拷贝node1上的hosts文件到node2，可能需要root权限

$ ssh node2

$ ssh node1

7．如果还有其他节点，设置方法同node2

设置成功后，在任意节点执行SSH连接其他节点都不需要密码，注意必需每个节点都有mpiuser这个用户，之所以使用一个普通用户，是为了避免root执行mpi程序时遇到风险。在一些mpi实现中，也不允许以root用户执行。

四、 配置MPI运行环境

1． 下载 mpich

官方网站 下载其中的mpich-3.2.tar.gz

2． 解压并进入目录

# tar xvf mpich-3.2.tar.gz

# cd mpich-3.2

# ./configure –prefix=/usr/local/mpich

# make

# make install

3． 设置环境变量，修改 /etc/profile ，加入下面几行代码

PATH=$PATH:/usr/local/mpich/bin

MANPATH=$MANPATH:/usr/local/mpich/man

export PATH MANPATH

4． 使刚刚的修改生效

# source /etc/profile

5． mpi多节点配置

新建一个配置文件

# touch /usr/local/mpich/servers

修改其中内容为：

node1:2 #在node1上运行两个进程

node2:2

如果有多个节点继续往下写

五、 单节点测试

将源码包中的 examples 拷贝到 mpich 的安装目录

# cp -r ./examples /usr/local/mpich/

用示例程序进行测试

$ mpirun -np 4 /usr/local/mpich/examples/cpi

Process 1 of 4 is on node1

Process 0 of 4 is on node1

Process 3 of 4 is on node1

Process 2 of 4 is on node1

pi is approximately 3.1415926544231239, Error is 0.0000000008333307

wall clock time = 0.081049

得到如图的回显结果证明mpich的运行环境正常

六、 多节点测试

$ mpiexec -np 4 -f /usr/local/mpich/servers /usr/local/mpich/examples/cpi

Process 1 of 4 is on node1

Process 0 of 4 is on node1

Process 3 of 4 is on node2

Process 2 of 4 is on node2

pi is approximately 3.1415926544231239, Error is 0.0000000008333307

wall clock time = 0.139722

如上，在两个节点上分别运行了两个进程，配置过程到此结束

Q3: linux mpi.h一般在哪

linux mpi.h一般在哪linux更改mpi命令？MPI(Message Passing Interface),是一种必须和其它程序语言一起使用linux更改mpi命令的一个接口。mpi.h就是这个接口库的头文件linux更改mpi命令，需要下载并安装这个第三方库linux更改mpi命令，目前主要使用的就是Mpich。1.首先进行解压文件openmpi-1.6.2.tar.gz。 2.然后执行cd openmpi-1.6.2 3.接着执行./configure，一段时间之后发现缺少g++编译器，所以执行sudo apt-get install g++ 4.执行完之后再执行一次./configure就可以配置成功， 5.执行sudo make all in。Linux下MPI环境的安装配置及MPI程序的编译运行，step by step。

下载MPI安装包

去这里下载一个适合的安装包。

安装包的解压

安装包所在的目录下，运行tar xzvf mpich-x.x.x.tgz。

切换到解压出来的包目录下

cd mpich-x.x.x

configure配置编译环境，我这里为它选择了一个安装路径。

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