linux命令生信 linux 系统信息命令

🍓我的生信入门day2 bio-linux简单操作

仅供自己记录复习，并不严谨。

主要是学习了bio-linux最基本的一些操作。

1.linux命令组成。命令➕选项➕参数。

2.创建共享文件。windows和bio-linux的共享文件。

3.访问路径：pwd

访问下一级：ll 空格 文件名

访问本级：ll

访问上一级：ll 空格 ..

进入下一级：cd 空格 文件名或目录名

进入上一级：cd 空格 ..

注意：访问只是弹出该目录下有的所有文件和目录。进入是进入到下一级中的文件或者目录。

4.显示文件ls      ls -a            ls-l  [文件长格式显示]

5.创建目录和文件。mkdir 空格 目录名 ；touch 空格 文件名

6.复制cp、移动mv、删除rm文件。不能操作目录。操作目录：mv -r 、cp -r  、rm -r空格 目录名，删除只能删除本操作目录下的文件。

7.查看文件内容: cat 空格 文件名。所以不能对目录cat，可以ll 注意：ll是访问，是文件的一些基本信息。目录：cd 空格 目录名。

8.修改文件：vi 空格 文件名 按下i显示insert就可以编辑修改了。编辑修改完以后按下Esc后，打冒号： 然后wq保存，退出。q!是退出不保存，按d删除内容。

相关问答

Q1: Linux 20题-生信技能树

知识点:mkdir -p

touch filename#创建文件

知识点：touch的用法

知识点：vim or vi or sed 编辑文本

知识点：rm 命令

rm (-r) filename or file.txt#删除（彻底）文件或文件夹，由于Linux系统没有垃圾桶，要慎用删除文件，可以rm -i filename删除前询问

知识点：mkdir -p folder{1..5}/../..

知识点： xargs的用法 xargs命令

知识点：for循环

for ...; do ...; done

知识点：rm -rf filename

知识点：grep用法 grep命令 和 wc用法 wc命令

知识点：unzip的用法 unzip命令

知识点：cat 和less -S

知识点：tar用法和软件的安装

知识点：grep的递归搜索 grep 命令

知识点：awk awk用法 、cut cut用法 、sort sort用法 、uniq uniq用法 、grep

知识点：cut、sort、uniq

知识点：unzip tree

知识点：cat /less /more ;awk/grep

知识点：cat/grep

知识点：cut /sort /grep/awk/uniq

知识点：cat/grep/awk/cut/sort/uniq

原题目链接：

生信技能树-jimmy的个人空间 - 哔哩哔哩 ( ゜- ゜)つロ 乾杯~ Bilibili

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Q2: Linux文本操作常用命令

在Linux系统里常用于文本查看、操作、统计linux命令生信的命令：

通过多敲键盘，形成手感 肌肉记忆 ，熟练掌握这些命令，在以后生信分析中游刃有余。以下是每个命令的详细的介绍（主要是跟着 生信技能树小郭老师 学习做的笔记）

接下来通过示例把10个命令的常用参数和用法展示出来：

参数的用法介绍：

注意事项：

用 cat 命令可以 查看文本 ，也可以 编辑文本 ，编辑文本要加 符号，退出时，另起一行，按 control C 退出

zcat可以查看压缩的文本文件，tac逆向查看

结合 管道符| 使用

head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行，默认 10 行 （在R语言里head和tail默认是前6行）。

less命令用得最多 ，more命令用得比较少

3.1 less命令

less [参数] 文件名

less命令重要的补充用法1 ：

需要注意 退出 ：只要使用less命令， 按q键

less命令重要的补充用法2 ：

参数用法：

less命令 不加参数 查看文件：

less命令加 -N参数 查看文件：显示行号

less命令加 -S参数 查看文件：单行显示，非常规整

对比：less和cat命令显示文本行号的用法：less -N，cat -n

3.2 more命令

**more ** 逐页查看，按空格翻页，按回车换行 ，more命令一般很少用，熟练掌握less命令就好

查看压缩文件

wc 统计字符是也把换行符统计进去，但是别的命令不一定会把换行符算进去，。

常见参数:

切记：用less命令，按q退出

cut命令是按关键词来切的

常见参数:

排列前：

排列后：

解释：1和0比，1大；7和0比，7大…在sort字典排序里，100816比1737小，所以100816排在前面。

命令行查看一个表格结构时，因为制表符对齐的原因，出现一个错位的现象。还有 字典排序 可能和linux命令生信我们平时的认知不一样，所以 加上-n参数 ， 让数值有数学意义上的大小来排序 。

uniq命令去重，只有两行出现重复，而且是相邻的两行，如果不相邻，即使出现两行一模一样，不会去重。

uniq命令通常和sort命令搭配使用

换其它文件试试

总之，uniq命令使用时经常和sort一起

常见参数:

常见用法1：

paste file1 file2

-s :按行合并 演示

常见用法2 : paste - -

常见参数:

要养成一个好习惯，原始数据不要轻易修改，修改的东西另外保存，文本保存用 (重定向)或是 (追加)

1. 用 less 查看 example.gtf ，然后管道符传递给 wc

2. 截取 example.gtf 第 9 列的内容

3. 在第2步的基础上截取分号分割的第1列

4. 在第3步的基础上排序、去重复并统计

5. 在第4步的基础上，将空格替换成制表符

补充小知识 ：

清屏 ：control L

查看历史（输入过的）命令 ：history

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