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linuxqdel命令的简单介绍
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sge任务状态d什么情况
等待
_GE怎样工作:
?1. 接受用户投放的任务
?2. 在任务运行以前,将任务放到一个存储区域
?3. 发送任务到一个执行设备,并监控任务的运行
?4. 运行结束写回结果并记录运行日志
_S玫_GE命令:
?1. 投递任务到指定队列all.q 方法一: qsub -cwd -l vf=*G -q all.q *.sh 方法二: qsub -cwd -S /bin/bash -l vf=*G -q all.q *.sh -cwd 表示在当前路径下投递,sge的日志会输出到当前路径。 -l vf=*G 任务的预估内存,内存估计的值应稍微大于真实的内存,内存预估偏小可能会导致节点跑挂。 -q 指定要投递到的队列,如果不指定的话,SGE会在用户可使用的队列中选择一个满足要求的队列。 注: 方法一和方法二都可以投递任务到指定队列,但是方法一可能会输出警告信息“Warning: no access to tty (Bad file descriptor). Thus no job control in this shell.” 这是因为SGE默认使用的是tcsh,而*.sh使用的是bash,所以应该在投递的时候指明命令解释器。若非要使用方法一的话,可以在脚本*.sh的开头加上#$ -S /bin/bash。
?2. 投递任务到指定节点 qsub -cwd -l vf=*G -l h=node1 *.sh qsub -cwd -l vf=*G -l h=node1 -P project -q all.q *.sh -P 参数指明任务所属的项目
?3. 查询任务 qstat -f 查看所有任务 qstat -j jobId 按任务id查看 qstat -u user 按用户查看 任务状态: qw 表示等待状态 Eqw 投递任务出错 r 表示任务正在运行 dr 节点挂了之后,删除任务就会出现这个状态,只有节点重启之后,任务才会消失
?4. 删除任务 qdel -j 1111 删除任务号为1111的任务
?5. 其他命令 qrsh 与qsub相比,是交互式的投递任务,注意参数: -now yes|no 默认设置为yes 若设置为yes,立即调度作业,如果没有可用资源,则拒绝作业,任务投递失败,任务状态为Eqw。 若设置为no,调度时如果没有可用资源,则将作业排入队列,等待调度。 例子: qrsh -l vf=*G -q all.q -now no -w n *sh qacct 从集群日志中抽取任意账户信息 qalter 更改已提交但正处于暂挂状态的作业的属性 qconf 为集群和队列配置提供用户界面 qhold 阻止已提交作业的执行 qhost 显示SGE执行主机(即各个计算节点)的状态信息 qlogin 启动telnet或类似的登录会话。
?6. bash脚本与Linux环境变量 为了防止脚本运行时找不到环境变量,在投递的bash脚本的前面最好加上以下两句话: #! /bin/bash #$ -S /bin/bas Ctal + z 挂起 bg 回车在后台执行 fg 回车,切换为前台执行 (1) CTRL+Z挂起进程并放入后台 (2) jobs 显示当前暂停的进程 (3) bg %N 使第N个任务在后台运行(%前有空格) (4) fg %N 使第N个任务在前台运行 默认bg,fg不带%N时表示对最后一个进程操作!
相关问答
Q1: Linux/超算中PBS常用命令
新手,纯纯搬运工【出处引用自: 】
1. Linux常用命令
最常用:
ls(英文全拼:list files):列出目录及文件名
ls -l:列出目录及文件名,可查看更多
ls -al:可以看到隐藏文件
cd(英文全拼:change directory):切换目录
cd .. :返回上一级
cd 文件夹名:进入目录
pwd(英文全拼:print work directory):显示目前的目录
mkdir 文件夹名(英文全拼:make directory):创建一个新的目录
rmdir 文件夹名(英文全拼:remove directory):删除一个空的目录
cp xxx xxx(英文全拼:copy file): 复制文件或目录
mv xxx xxx(英文全拼:move file): 移动文件或目录,或修改文件或目录的名称
rm(英文全拼:remove): 删除文件
rm -r 文件夹名:递归删除某目录
clear:清空terminal的所有内容(或者使用Ctrl+L)
tab按键:补充完整文件名或文件夹名
次常用:
vim/vi 某文件 (编辑文件)
nano 某文件 (编辑文件)
touch 文件 (新建空文件)
sudo -s (切换到root模式)
exit (退出root模式等)
sudo chmod -R 755 文件名/文件夹名 (获取文件/文件夹的755权限)
chown [用户] [文件或目录] (改变文件或目录的所有者)
chgrp [用户组] [文件或目录] (改变文件或目录的所属组)
make (编译成.exe)
解压/解包:
tar文件 (注:tar是打包,不是压缩!)
解包:tar xvf FileName.tar
打包:tar cvf FileName.tar DirName
.gz文件
解压1:gunzip FileName.gz
解压2:gzip -d FileName.gz
压缩:gzip FileName
.tar.gz 和 .tgz文件
解压:tar zxvf FileName.tar.gz
压缩:tar zcvf FileName.tar.gz DirName
安装和卸载deb软件包:
安装:sudo dpkg -i deb文件
查看:sudo dpkg -l
卸载:sudo dpkg -r 软件名
参考资料:
[1] Linux 教程
[2] Linux常用命令
[3] linux中tar命令的用法
[4] 全网最全Linux命令总结
2. vim/vi里的操作
:q 退出
:wq 保存并退出
:w 保存
:q! 强行退出(不保存退出)
:w! 强行保存
i 进入编辑,转为输入模式(光标前面)
a 进入编辑,转为输入模式(光标后面)
o 进入编辑,转为输入模式(光标下方新建一行)
Esc 退出i(插入)命令
3. 超算中PBS常用命令
pbsnodes (查看所有节点)
pbsnodes -l free (查看空闲节点)
pbsnodes 某节点 (查看某节点状态)
.sh 某节点 (转到某节点)
exit (离开节点)
qsub 文件名.pbs/sh (提交任务)
qstat (列出状态)
qstat -q (列出队列)
qstat -n (列出队列中使用的节点)
qstat -f jobid (查看jobid任务的详细信息)
qdel jobid (取消任务)
4. 其他
(1)Linux开机自启
sh文件中包含:
#!/bin/bash#chkconfig: 2345 80 90#description:auto_run
sh文件移动到/etc/init.d后,分别输入命令:
chkconfig --add xxx.sh
chkconfig --list
chkconfig xxx.sh on
service xxx.sh start
参考资料: linux 开机启动 .sh 文件 - 自己的太阳 - 博客园
(2)Linux环境变量
方法1:临时使用环境变量:export PATH="/home/www/anaconda3/bin:$PATH"
方法2:修改.bashrc文件
参考资料: Linux PATH 作用以及查看和修改方法_haozhepeng的专栏
(3)两个sh文件
a.sh文件(用于提交任务,执行a.py文件)
#!/bin/sh#PBS -N task#PBS -l nodes=1:ppn=1#PBS -q scorecd $PBS_O_WORKDIRexport OMP_NUM_THREADS=1python a.py
a.sh文件(用于提交任务,执行a.exe文件)
#!/bin/sh#PBS -N task#PBS -l nodes=1:ppn=1#PBS -q scorecd $PBS_O_WORKDIRexport OMP_NUM_THREADS=1./a.exe
(4)一个makefile文件
makefile文件(用于编译Fortran文件)
INC := -I/public/software/compiler/intel/composer_xe_2015.2.164/mkl/include/intel64/lp64
LIB := -L/public/software/compiler/intel/composer_xe_2015.2.164/mkl/lib/intel64
mpi:= -I/public/software/mpi/mpich/3.1.4/intel/include /public/software/mpi/mpich/3.1.4/intel/lib -lmpich -limf -lsvml -lintlc
src:=Console1exec:=a
all: $(src).f90
ifort $(src).f90 $(INC) $(LIB) -openmp -lmkl_intel_lp64 -Wl,--start-group -lmkl_intel_thread -lmkl_lapack95_lp64 -lmkl_core -lmkl_blas95_lp64 -Wl,--end-group -liomp5 -lpthread -O2 -o $(exec).exe
Q2: Linux集群常用指令
姓名:张昊楠 学号:21021210691
存储NAS 文件操作
df -h查看空间使用情况
警惕超大 nohup.out
ls 当前路径下的文件列表
pwd 查看当前路径
cd 进入某个文件夹
任务提交
任务提交前
qhost--查看集群负载状态
qsub / qsub-sge.pl--提交任务
qstat--查看任务状态
qdel / qmod--任务控制
任务查看
qhost -j---列出所有用户在每个节点上的任务
qhost -q---列出每个节点上每个队列的任务数
qhost -u username---列出某个用户在每个节点上的任务
提交命令
qsub -cwd -q queue.q test.sh
qsub-sge.pl --maxproc 50 --resource vf=5G --queue queue.q test.sh
任务查看2
qstat -u username---查看某个用户的任务
qstat -u *,---查看所有用户的任务
qstat –j jobs_ID---查看某个任务的详细信息
查看.e和.o文件
.e:错误信息
.o:标准输出
任务控制
qdel jobID---删除某个任务
qdel -u username---删除某个用户的所有任务
qmod -s jobID--挂起某个任务
qmod -us jobID---继续运行某个挂起的任务
按任务占用内存大小选择相应的队列
查看队列 qstat -g c
QUEUE
PE.q--并行
cloud.q--云平台
general.q--96G节点
middle.q--96G节点
great.q--大内存节点
plus.q--大内存节点
single.q--Trinity组装
single._p.q---Trinity组装(占用内存较大)
Q3: Linux集群使用命令
存储NAS 文件操作
df -h查看空间使用情况
警惕超大 nohup.out
任务提交
任务提交前
qhost--查看集群负载状态
qsub / qsub-sge.pl--提交任务
qstat--查看任务状态
qdel / qmod--任务控制
任务查看
qhost -j---列出所有用户在每个节点上的任务
qhost -q---列出每个节点上每个队列的任务数
qhost -u username---列出某个用户在每个节点上的任务
提交命令
qsub -cwd -q queue.q test.sh
qsub-sge.pl --maxproc 50 --resource vf=5G --queue queue.q test.sh
任务查看2
qstat -u username---查看某个用户的任务
qstat -u *,---查看所有用户的任务
qstat –j jobs_ID---查看某个任务的详细信息
查看.e和.o文件
.e:错误信息
.o:标准输出
任务控制
qdel jobID---删除某个任务
qdel -u username---删除某个用户的所有任务
qmod -s jobID--挂起某个任务
qmod -us jobID---继续运行某个挂起的任务
按任务占用内存大小选择相应的队列
查看队列 qstat -g c
QUEUE
PE.q--并行
cloud.q--云平台
general.q--96G节点
middle.q--96G节点
great.q--大内存节点
plus.q--大内存节点
single.q--Trinity组装
single._p.q---Trinity组装(占用内存较大)
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编辑于 2017-04-21
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