生信常用的linux命令 生信 linux

linux常用命令

linux常用命令如下：

1、查看内核版本：uname -a。

2、控制台-》图形界面：init 5或者startx。

3、图形界面-》控制台: init3或者直接注销。

4、如何查看ip地址：ifconfig。

5、配置ip:ifconfig eth0 ip地址。

6、重启：reboot 或者 shutdown -r now。

7、普通用户切换到系统用户:su。

8、注销用户指令：logout。

linux的学习技巧：

如果你想系统的学习Linux，你必需清楚的认识到这一点。如果你真正想系统的学习linux，想用Linux有所作为，那么请忘记Windows的思维方式，思想性的转变比暂时性的技术提高更有用， 而思想上的改变往往是受到我们行动所影响的，有不懂的问题就自己思考，查资料， 实在不会再去找别人的电脑去查，这样就加深了我每次对问题的理解，慢慢感受和习惯Linux的操作方式。

相关问答

Q1: linux常用命令及用法

linux常用命令及用法如下：

pwd 显示工作路径

shutdown -h now 关闭系统   /halt 关闭系统

shutdown -r now 重启 / reboot 重启

systemctl stop firewalld关闭防火墙

ip addr查看ip地址

1、cd命令：这是一个非常基本，也是大家经常需要使用的命令，它用于切换当前目录，它的参数是要切换到的目录的路径，可以是绝对路径，也可以是相对路径。如：

cd /home 　  进入根目录下面的home目录 

cd home 　  进入当前目录下的home目录 

cd ..　  返回上一层目录 

cd ../.. 返回上两级目录

cd /　返回跟目录

cd - 返回上次所在的目录

2、ls命令：这是一个非常有用的查看文件与目录的命令，list之意，它的参数非常多，下面就列出一些我常用的参数吧，如下：

ls 　查看目录中的文件 

ls -a列出全部的文件，连同隐藏文件（开头为.的文件）一起列出来

ls -l 　 显示文件和目录的详细资料 

3、mkdir命令：创建

mkdir dir1 创建一个叫做 'dir1' 的目录'

mkdir dir1 dir2 同时创建两个目录

4、rm命令：删除

rm -f file1 删除一个叫做 'file1' 的文件'

rmdir dir1 删除一个叫做 'dir1' 的目录' （空目录才能删除）

rm -rf dir1 删除一个叫做 'dir1' 的目录并同时删除其内容

rm -rf dir1 dir2 同时删除两个目录及它们的内容

5、mv命令：该命令用于移动文件、目录或更名，move之意，它的常用参数如下：-f 如果目标文件已经存在，不会询问而直接覆盖

mv file1 file2   把文件file1重命名为file2

mv file1 file2 dir   把文件file1、file2移动到目录dir中

6、cp命令：该命令用于复制文件，copy之意，它还可以把多个文件一次性地复制到一个目录下， 它的常用参数如下：

cp  -a file1 file2  连同文件的所有特性把文件file1复制成文件file2

cp dir/* .  复制一个目录下的所有文件到当前工作目录 

cp -a /tmp/dir1 .  复制一个目录到当前工作目录 

cp -a dir1 dir2  复制一个目录

7、find命令：find是一个基于查找的功能非常强大的命令

find / -name file1 从 '/' 开始进入根文件系统搜索文件和目录 

find / -user user1 搜索属于用户 'user1' 的文件和目录 

find /home/user1 -name \*.bin 在目录 '/ home/user1' 中搜索带有'.bin' 结尾的文件 

find /usr/bin -type f -atime +100 搜索在过去100天内未被使用过的执行文件 

find /usr/bin -type f -mtime -10 搜索在10天内被创建或者修改过的文件

Q2: Linux文本操作常用命令

在Linux系统里常用于文本查看、操作、统计的命令：

通过多敲键盘，形成手感 肌肉记忆 ，熟练掌握这些命令，在以后生信分析中游刃有余。以下是每个命令的详细的介绍（主要是跟着 生信技能树小郭老师 学习做的笔记）

接下来通过示例把10个命令的常用参数和用法展示出来：

参数的用法介绍：

注意事项：

用 cat 命令可以 查看文本 ，也可以 编辑文本 ，编辑文本要加 符号，退出时，另起一行，按 control C 退出

zcat可以查看压缩的文本文件，tac逆向查看

结合 管道符| 使用

head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行，默认 10 行 （在R语言里head和tail默认是前6行）。

less命令用得最多 ，more命令用得比较少

3.1 less命令

less [参数] 文件名

less命令重要的补充用法1 ：

需要注意 退出 ：只要使用less命令， 按q键

less命令重要的补充用法2 ：

参数用法：

less命令 不加参数 查看文件：

less命令加 -N参数 查看文件：显示行号

less命令加 -S参数 查看文件：单行显示，非常规整

对比：less和cat命令显示文本行号的用法：less -N，cat -n

3.2 more命令

**more ** 逐页查看，按空格翻页，按回车换行 ，more命令一般很少用，熟练掌握less命令就好

查看压缩文件

wc 统计字符是也把换行符统计进去，但是别的命令不一定会把换行符算进去，。

常见参数:

切记：用less命令，按q退出

cut命令是按关键词来切的

常见参数:

排列前：

排列后：

解释：1和0比，1大；7和0比，7大…在sort字典排序里，100816比1737小，所以100816排在前面。

命令行查看一个表格结构时，因为制表符对齐的原因，出现一个错位的现象。还有 字典排序 可能和我们平时的认知不一样，所以 加上-n参数 ， 让数值有数学意义上的大小来排序 。

uniq命令去重，只有两行出现重复，而且是相邻的两行，如果不相邻，即使出现两行一模一样，不会去重。

uniq命令通常和sort命令搭配使用

换其它文件试试

总之，uniq命令使用时经常和sort一起

常见参数:

常见用法1：

paste file1 file2

-s :按行合并 演示

常见用法2 : paste - -

常见参数:

要养成一个好习惯，原始数据不要轻易修改，修改的东西另外保存，文本保存用 (重定向)或是 (追加)

1. 用 less 查看 example.gtf ，然后管道符传递给 wc

2. 截取 example.gtf 第 9 列的内容

3. 在第2步的基础上截取分号分割的第1列

4. 在第3步的基础上排序、去重复并统计

5. 在第4步的基础上，将空格替换成制表符

补充小知识 ：

清屏 ：control L

查看历史（输入过的）命令 ：history

Q3: 🍓我的生信入门day2 bio-linux简单操作

仅供自己记录复习，并不严谨。

主要是学习了bio-linux最基本的一些操作。

1.linux命令组成。命令➕选项➕参数。

2.创建共享文件。windows和bio-linux的共享文件。

3.访问路径：pwd

访问下一级：ll 空格 文件名

访问本级：ll

访问上一级：ll 空格 ..

进入下一级：cd 空格 文件名或目录名

进入上一级：cd 空格 ..

注意：访问只是弹出该目录下有的所有文件和目录。进入是进入到下一级中的文件或者目录。

4.显示文件ls      ls -a            ls-l  [文件长格式显示]

5.创建目录和文件。mkdir 空格 目录名 ；touch 空格 文件名

6.复制cp、移动mv、删除rm文件。不能操作目录。操作目录：mv -r 、cp -r  、rm -r空格 目录名，删除只能删除本操作目录下的文件。

7.查看文件内容: cat 空格 文件名。所以不能对目录cat，可以ll 注意：ll是访问，是文件的一些基本信息。目录：cd 空格 目录名。

8.修改文件：vi 空格 文件名 按下i显示insert就可以编辑修改了。编辑修改完以后按下Esc后，打冒号： 然后wq保存，退出。q!是退出不保存，按d删除内容。

关于生信常用的linux命令和生信 linux的介绍到此就结束了，不知道你从中找到你需要的信息了吗 ？如果你还想了解更多这方面的信息，记得收藏关注本站。