[linux] mv: cannot move $ to $: Directory not empty

最近测试某流程时，跑的过程报错了，于是检查脚本修改后重新测试。脚本是改过来了，但在 shell 中运行某步时碰到了如题报错！

$ mv MP_genus_network_files/ tax_network

mv: cannot move `MP_genus_network_files/' to `tax_network/MP_genus_network_files': Directory not empty

这个错误是这样的： mv 命令移动的东西如果在目标路径中已存在（不为空），那么它是移动不了的，这是 mv 的一种保护机制，防止错误覆盖。

但是这一点发生在流程中就不友好了。由于各种各样的原因，分析人员运行到中间步骤很可能报错，但过程文件已经生成了，如果修改脚本后再次运行的话就覆盖不了，导致流程又一次强制报错退出，这可不是我们想要的。怎么在自动化流程中设置这个因素呢？条件判断的话又长又臭，而且那么多文件目录没法一一判断。这里最好用 rsync 来代替 mv 命令。

rsync -a MP_genus_network_files/ tax_network/MP_genus_network_files

注意要将该目录文件作为目标目录的子目录的话，目标目录也要加上子目录的名称，否则加入的只是子目录中包含的文件。

复制后不忘了删除原目录文件：

rm  -rf MP_genus_network_files/

很显然，这里用 cp -r 也一样实现，那么用 rsync 和 cp 备份文件到底有什么区别呢？因为这不是本篇重点，只是简单列出：

rsync 相当于从源到目的拷贝文件，而且可以设置参数，保持很多文件和文件夹的属性。对于拷贝文件实现备份， rsync 总体而言比 cp 要好，因为 rsync 只拷贝那些改动了的内容。但这也不是绝对的，比如 cp -u 也可以实现同样的效果。

Ref: https://askubuntu.com/questions/269775/mv-directory-not-empty

Ref:https://www.crifan.com/linux_command_rsync_vs_cp/