测序质量linux命令，测序质量最重要的指标

使用deeptools将bam文件转换为bw文件

比对后得到的bam文件可以转化为bigWig(bw)格式，通过可视化软件进行展示。deeptools软件可以实现bw格式转化和可视化展示。

https：//deeptools.readthedocs.io/en/develop/content/installation.html 此工具将读取BAM文件，并生成bigWig或bedGraph。覆盖率计算为每个bin的读取次数，bin为定义的连续读取的窗口大小。

此工具基于multiBamSummary或multiBigwigSummary的输出文件。主要用于同一批样本之间的相关性比较，查看是否差异很大，也可做聚类图，来观察哪些样本相似。需求不大，所以先不讲。

相关问答

Q1: RSeQC使用

1、第一阶段是基础知识学习，找一本覆盖面广但是又不是很难啃的教材先对生物信息所涉及各个方面有所了解，比如人卫版李霞主编那本《生物信息学》。第二阶段是一个逐步深入的过程，这个过程中要学会工具的使用。

2、③ SAM 文件处理 使用 samtools 对 SAM 文件排序并转化为 BAM 文件。samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集，包含有许多命令。④比对结果可视化 比对结果使用 IGV 、Genome Maps 和Sacant 等可视化查看。

Q2: samtools常用命令详解

samtools还有个非常重要的命令mpileup，以前为pileup。该命令用于生成bcf文件，再使用bcftools进行SNP和Indel的分析。bcftools是samtool中附带的软件，在samtools的安装文件夹中可以找到。

默认情况，samtools view输出序列到屏幕，可以重导向到别的文件。-b ：声明输出为bam格式的文件。

建立索引 建立索引只需在Linux下输入命令：samtools faidx input.fa 这里序列文件为 input.fa，生成的索引文件以 .fai 结尾。

最终得到的samtools_result.bcf 是二进制文件，到此完成了call snp的第一步。

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